SCEVKEEHRVNSYTRRKSKSRKPHHRNGEMRVACNLGMKPNTRNPLCGLSGATIWARHQQ MPHISTNVLAKNGDDDLPIFCVAAILVINRHKIIRETRSIDDAIKASLSHNFLSYCLQTS DPWNYYQELPIFALDFMFNDNMLKINVKRCVRMAIKLRKKYIYKLLKGGSE*>OsZS_01T0000300.2MSSAAGQDNGDTAGDYIKWMCGAGGRAGGAMANLQRGVGSLVRDIGDPCLNPSPVKGSKM LKPEKWHTCFDNDGKVIGFRKALKFIVLGGVDPTIRAEVWEFLL...
先根据基因号打开序列浏览页面,然后下载对应的FASTA,GFF3文件.(图1) 然后把这两文件移动或复制到TBtools主目录下(也可以是它的子目录,建议在主目录新建文件夹,起个名字,把两文件装里面,便于后续翻找)(图2).很重要,若不在同一个主目录,后续运行会失败,提示找不到文件. #主目录在哪?出现TBtools.exe程序的目录...
Homolaphlyctis polyrhiza annotation CDS FASTARhys, Farrer
你看看这几个缺失的基因序列有没有特殊吧；
4.Extract longest CDS regeion with longest transcript from gtf format annotation file based on ensembl/ucsc database. Install $ pip install GetTransTool Usage 1. get longest transcript from gencode transcripts fasta file: help infomation:
先去ensembl官网下载目的文件——大鼠的基因CDS文件,文件是fa格式,先用R读取;目的基因list是存储为一列的txt文档,一并读取。 fa <- read.csv("Rattus_norvegicus.mRatBN7.2.cds.all.fa", header =F) mono <- read.csv("mono-716.txt", header =F) ...
物种基因组注释不好的话，有可能比对率较低。再有检查一下建立的参考基因组索引是否正确，基因数量是否...
示例1: buildCDSFasta ▲点赞 7▼ # 需要导入模块: import PipelineGeneset [as 别名]# 或者: from PipelineGeneset importbuildCDSFasta[as 别名]defbuildCDSFasta(infile, outfile):'''build cds sequences from peptide and cds file. *infile* is an ENSEMBL .cdna.all.fa.gz file. ...
先去ensembl官网下载目的文件——大鼠的基因CDS文件,文件是fa格式,先用R读取;目的基因list是存储为一列的txt文档,一并读取。 fa <- read.csv("Rattus_norvegicus.mRatBN7.2.cds.all.fa", header =F) mono <- read.csv("mono-716.txt", header =F) ...
造轮子解析了fasta文件 前面我们下载的 Rattus_norvegicus.mRatBN7.2.cds.all.fa 文件是 100多万行,几万个基因的序列信息。通过我们自己的冗余的代码,终于给每个基因一个cds长度信息啦。 第四列是基因名,第五列是CDS长度,接下来就是从mono.txt中提取元素挨个比对,直到匹配成功。此时脑子里晃过好几个可行的函数,...