1. 编辑 `~/.bashrc`(或 `~/.zshrc`)文件,将 CD-HIT 安装路径添加到 `PATH` 变量。 2. 使用 `source ~/.bashrc` 命令使改动生效。 3. 通过 `which cd-hit` 确认是否能正常访问 `cd-hit` 命令。 要将CD-HIT 的安装路径 /home/zxzhang/0_Tools/cdhit-4.8.1 写入到 Linux 环境变量中,使其...
Cd-hit在虚拟机的安装与使用1.下载网址:https://github/weizhongli/cdhit/releases下载版本:cd-hit-v4.6.8-2017-12082.进入到安装目录:如qiime@qiime-190-virtual-box:~/Desktop/Shared_Folder/cd-hit-v4.6.8-2017-1208$3.输入文件为fasta文件,输出文件为fasta/fna文件4.在虚拟机系统输入是以下格式:./cd-...
cd-hit -i nr -o nr60 -c 0.6 -n 4 -d 0 -M 16000 -T 16 # 先将阈值设置为60% psi-cd-hit.pl -i nr60 -o nr30 -c 0.3 # 在用psi-cd-hit完成30%的相似性聚类 cd-hit-2d的基本用法 1 cd-hit-2d -i db1 -i2 db2 -o db2novel -c 0.9 -n 5 -d 0 -M 16000 -T 8 cd-hi...