然后依次对序列进行处理,如果新的序列与已有的序列类的代表序列的相似性在cutoff以上,则把该序列加到该序列类中,否则形成新的序列类。 一般使用cd-hit对protein dataset去冗余时,设置一个较低的identity cut-off, 比如0.2-0.5(即相似性大于20-50%的序列都为一类) 参考:cd-hit介绍(包括优缺点)...
(2)CD-HIT的安装目录为/opt/cd-hit/4.8.1,需要提前建立。 (3)使用的测试数据是双端测序数据,合并要用到pandaseq,可以参考使用pandaseq合并双端测序实战这篇文章安装。 安装 安装依赖: apt-get install zlib1g-dev 从GitHub上下载CD-HIT源码并编译安装: curl -OL https://github.com/weizhongli/cdhit/releas...
cd-hit-2d 用于比较两个数据库中的相似性序列,默认识别在 db2 中的序列和 db1 中的序列相似性高于某个阈值的序列,输入是两个 fasta 格式的文件,输出是 db2 中与 db1 不相似的蛋白质序列文件和列出 db1 和 db2 之间相似序列的文件,如果想要输出 db1 中和 db2 中不相似的序列,可以将输入文件 db1 和 db2...
Cd-hit在虚拟机的安装与使用1.下载网址:https://github/weizhongli/cdhit/releases下载版本:cd-hit-v4.6.8-2017-12082.进入到安装目录:如qiime@qiime-190-virtual-box:~/Desktop/Shared_Folder/cd-hit-v4.6.8-2017-1208$3.输入文件为fasta文件,输出文件为fasta/fna文件4.在虚拟机系统输入是以下格式:./cd-...
使用cd-hit对蛋白质或核酸序列进行聚类 转载自:https://huifangliu.github.io/2018/08/22/%E4%BD%BF%E7%94%A8cd-hit%E5%AF%B9%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B4%A8%E6%88%96%E6%A0%B8%E9%85%B8%E5%BA%8F%E5%88%97%E8%BF%9B%E8%A1%8C%E8%81%9A%E7%B1%BB/...
找到应用安装目录 Sleepytimeboyfriend，打开 SoineHituji.app 目录，【备份：将en.lproj文件夹备份到本...
2 第二步：打开360隔离沙箱1：打开360工具箱，搜索隔离沙箱 3 第三步：把快压的安装程序添加进隔离沙箱程序列表里 4 第四步：在沙箱里运行快压安装程序并安装说明：在沙箱里你可以随意安装，在沙箱里的任何操作都不会影响机器实际物理状况。在使用结束后，你可以清除一切操作 方法/步骤2 1 第5步：解压安装过程...
去⼿术室之前，护⼠遵医嘱迅速为患者建⽴了⼀个静脉通道并⾏输⾎治疗。因时间紧迫，护⼠从⾎库取回⾎后，为了尽早将⾎输给患者，便将⾎袋放在热⽔中提温，5min 后便给患者输⼊。当输⼊10min 后，患者感到头部胀痛，并出现恶⼼呕吐，腰背部剧痛。发⽣此反应时，护⼠⾸选的护理...
对于触电者，除了用身体僵硬来判断其死亡外，另外还可以用：心跳及呼吸停止、瞳孔扩散并对强光无任何反应、血管硬化或肛门松弛和（ ）。需注意的是，只有完全确认触电者已经死亡，并经医院做出无法救治的死亡诊断后，方可停止抢救。
10、血小板减少症(HIT) (14'10''——17'03'') ●疾病相关?治疗相关?其他因素?肝素诱导? ●肝素诱导的血小板减少症 ●治疗原则:停用、替代、免疫治疗、血浆置换、评估血栓形成情况等 11、皮肤损害 (17'03''——18'58'') ●发...