一般使用cd-hit对protein dataset去冗余时,设置一个较低的identity cut-off, 比如0.2-0.5(即相似性大于20-50%的序列都为一类) 参考:cd-hit介绍(包括优缺点)
cd-hit-2d的基本用法 用于比较两个数据库中的相似性序列,默认识别在 db2 中的序列和 db1 中的序列相似性高于某个阈值的序列,输入是两个 fasta 格式的文件,输出是 db2 中与 db1 不相似的蛋白质序列文件和列出 db1 和 db2 之间相似序列的文件,如果想要输出 db1 中和 db2 中不相似的序列,可以将输入文件 db...
(2)CD-HIT的安装目录为/opt/cd-hit/4.8.1,需要提前建立。 (3)使用的测试数据是双端测序数据,合并要用到pandaseq,可以参考使用pandaseq合并双端测序实战这篇文章安装。 安装 安装依赖: apt-get install zlib1g-dev 从GitHub上下载CD-HIT源码并编译安装: curl -OL https://github.com/weizhongli/cdhit/releas...
apt-get install zlib1g-dev 从GitHub上下载CD-HIT源码并编译安装: curl -OL https://github.com/weizhongli/cdhit/releases/download/V4.8.1/cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar.gz # 使用curl下载 tar -zx -f cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar.gz # 解压 cd cd-hit-v4.8.1-2019-0228 # 切换解压出来的...
Cd-hit在虚拟机的安装与使用1.下载网址:https://github/weizhongli/cdhit/releases下载版本:cd-hit-v4.6.8-2017-12082.进入到安装目录:如qiime@qiime-190-virtual-box:~/Desktop/Shared_Folder/cd-hit-v4.6.8-2017-1208$3.输入文件为fasta文件,输出文件为fasta/fna文件4.在虚拟机系统输入是以下格式:./cd-...
使用cd-hit对蛋白质或核酸序列进行聚类 转载自:https://huifangliu.github.io/2018/08/22/%E4%BD%BF%E7%94%A8cd-hit%E5%AF%B9%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B4%A8%E6%88%96%E6%A0%B8%E9%85%B8%E5%BA%8F%E5%88%97%E8%BF%9B%E8%A1%8C%E8%81%9A%E7%B1%BB/...
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HP - Hit points/Health，伤害点数或生命值 IF - Ironforge，铁炉堡 Incoming (INC) - 意味着即将出现一次攻击。Instancing - 在《魔兽世界》中有一类地下城，当你和你所在的队伍进入它的时候，你们会被载入到一个属于你们的这个地城的副本，只有你和你的队伍能够出现在这里，其他进入这一区域的队伍会...
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步hit CJ 耳里 累"-ULK^S ClXltJlF ■■ ^:y.L 搭异上哭 JF 「*泊 tfl w Q £j:A mim图2-5 教学材料添加目录页面(2) 点击教学课件目录,进入该目录。点击页面上方的上传文件”按钮,您可以将本地的材料匚J5T 醍百录 夕在妹册慮 ⑥JZ 传丈 g)智謀也皿 1 ◎曲 7 ffMft图2-6 上传文件 ...