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cd-hit 是一款用于将蛋白、核酸序列快速聚类的工具。由于宏基因组样品中可能包含相似物种,拼接结果中可能会存在一部分冗余序列,导致预测出来的基因包含冗余部分,可以通过聚类进行去冗余。 通常去冗余采用的聚类算法根据序列相似度对序列进行聚类,需要进行 all by all 的比较,例如 orthoMCL,不过这种方法非常耗时。而 cd-...
使用工具:cd-hit 在线网站 使用: input:fasta file (我的dataset:分别是positive dataset 和 negative dataset) out: .txt file. 参数设置-Sequence identity cut-off: 0.9: 相似性大于90%的序列归为一类 0.8: 相似性大于80%的序列归为一类 。。。 基本思路: 首先对所有序列按照其长度进行排序, 然后从最长的...
微课堂中分析工具培训课程的链接地址:http://nmdc.cn/video CD-hit工具介绍 CD-hit是用于对序列进行聚类以减少序列冗余广泛使用的程序。 CD-hit的重要参数: 在国家微生物科学数据中心云平台上使用CD-hit: 如在使用分析工具的过程中有任何相关问题请联系网站下方服务邮箱、QQ或电话咨询。服务邮箱:nmdc@im.ac.cn;...
划分OTU的cd hit 在线网站崩了，大家都用什么软件划分OTU,求大神指教
专辑介绍:cd音乐mp3专题栏目收录整理了cd音乐,cd音乐mp3,cd音乐mp3下载。cd音乐mp3是9YYC音乐网精选的cd音乐,cd音乐mp3,cd音乐mp3下载,车载DJ音乐组成的专题。 相关专题 1 cd音乐mp3 2 cd音乐mp3 3 cd音乐mp3 4 音乐mp3 5 轻音乐mp3 6 轻音乐mp3
一般常用的是cd-hit对氨基酸序列聚类,用cd-hit-est对核苷酸序列聚类,聚类时有两个重要的参数,一个是-c,指定聚类阈值,一个是-n,指定word size,这两个配套使用,有推荐的阈值。 cd-hit 氨基酸聚类阈值: word size 5 is for thresholds 0.7 ~ 1.0 word size 4 is for thresholds 0.6 ~ 0.7 word size 3 is...
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