CD-HIT有两个主程序: cd-hit:(cd-hit-est)将相似的蛋白聚类成聚类簇。 cd-hit-2d:(cd-hit-est-2d)比较两个数据库,并识别数据库2中与数据库1相似的序列。 cd-hit的命令参数如下所示: 代码语言:javascript 复制 -i:fasta格式的输入序列文件,多个宏基因组的基因序列需要合并到一起-o:输出文件的文件名-c...
Run the program as command line tool locally在本地作为命令行工具运行程序 安装本地 CD-HIT 服务器。这可以通过 Docker 完成, https://github.com/weizhongli/cdhit-web-server。 最新版下载地址github.com/weizhongli/c 通过设置适当的相似性阈值,CD-HIT可以帮助有效管理大型数据集,按相似性将序列分组,减少冗...
点击CD-hit使用说明可以直接在线预览pdf页面并下载该说明存入本地。 在国家微生物科学数据中心首页,点击微课堂查看更多,可以查看所有分析工具的视频教程。 微课堂中分析工具培训课程的链接地址:http://nmdc.cn/video CD-hit工具介绍 CD-hit是用于对序列进行聚类以减少序列冗余广泛使用的程序。 CD-hit的重要参数: 在国...
CD-hit(http://weizhong-lab.ucsd.edu/cd-hit/)一种序列聚类软件,用于去除冗余序列,安装及使用方法如下: 1. 安装 #软件包下载(https://github.com/weizhongli/cdhit/releases/): wget https://github.com/weizhongli/cdhit/archive/refs/tags/V4.8.1.tar.gz #解压文件 tar xvf V4.8.1.tar.gz ...
cd-hit 例句 释义: 全部 更多例句筛选 1. CD-HIT is a widely used program for clustering and comparing large biological sequence datasets. CD-HIT是用来聚类和比较大的生物学序列数据集的一个广泛使用的程序。 chinapubmed.net© 2025 Microsoft 隐私声明和 Cookie 法律声明 广告 帮助 反馈...
用法详解:使用命令时,通过参数指定相似性阈值(如 -c 参数),输入包含细菌基因组序列的文件,程序会将相似性高于该阈值的序列进行聚类并保留代表性序列。 2. 在分析细菌基因组中基因家族时,cd-hit可对预测出的基因序列进行聚类,以此来界定不同的基因家族成员,方便后续对基因家族的演化和功能研究。 用法详解:将预测的...
cd-hit 是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具,根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列,一般用于构建非冗余的数据集用于后续的实验分析。 cd-hit聚类算法 通常来说,根据序列相似度对序列进行聚类,首先想到的可能是通过计算两两序列之间的相似度对序列进行聚类,这样需要进行all by all的比较,相对来说比较费时...
cd-hit 是一款用于将蛋白、核酸序列快速聚类的工具。由于宏基因组样品中可能包含相似物种,拼接结果中可能会存在一部分冗余序列,导致预测出来的基因包含冗余部分,可以通过聚类进行去冗余。 通常去冗余采用的聚类算法根据序列相似度对序列进行聚类,需要进行 all by all 的比较,例如 orthoMCL,不过这种方法非常耗时。而 cd...
1、CD系列芯片:CD4000双3输入端或非门+单非门TICD4001四2输入端或非门HIT/NSC/TI/GOLCD4002双4输入端或非门NSCCD400618位串入/串出移位寄存器NSCCD4007双互补对加反相器NSCCD40084位超前进位全加器NSCCD4009六反相缓冲/变换器NSCCD4010六同相缓冲/变换器NSCCD4011四2输入端与非门HIT/TICD4012双4输入端与...
cd-hit 去除冗余序列 2021-01-22 15:02 −... 斩毛毛 0 1991 Gogs + Drone 实现CI/CD(CD) 2019-12-08 20:11 −前文已经实现CI部分,本文继续以Asp.Net Core实现CD部分。 创建gogs仓库 首先在gogs创建一个空项目drone-ci-demo,本地新建一个asp.net core项目,并且在与.csproj同级... ...