7. cd-hit可以用于构建细菌基因组的非冗余序列数据库,将大量细菌基因组序列进行处理,只保留具有代表性的非冗余序列。 用法详解:将众多细菌基因组序列文件输入,设定合适的相似性阈值(通常较高如 -c 0.95),程序运行后输出的结果可作为非冗余序列数据库用于后续分析。 8. 在分析细菌基因组的进化关系时,cd-hit可对不...
1. 编辑 `~/.bashrc`(或 `~/.zshrc`)文件,将 CD-HIT 安装路径添加到 `PATH` 变量。 2. 使用 `source ~/.bashrc` 命令使改动生效。 3. 通过 `which cd-hit` 确认是否能正常访问 `cd-hit` 命令。 要将CD-HIT 的安装路径 /home/zxzhang/0_Tools/cdhit-4.8.1 写入到 Linux 环境变量中,使其...
Cd-hit的输入文件仅有一个fasta格式文件 ,一般来说cd-hit是将几个样品的基因或蛋白序列进行聚类,所以需要将这些样品的序列汇总到一起作为输入文件,可在linux系统下通过cat命令实现: cat a.fasta b.fasta c.fasta > all.fasta #其中a.fasta,b.fasta,c.fasta为fasta格式的三个样品基因或蛋白序列,all.fasta为汇...
cd-hit 只能完成在40%以上的序列相似性的聚类,假设要将阈值设置为30%的相似性则需要两次聚类并使用psi-cd-hit.pl 脚本才能完成 1 2 cd-hit -i nr -o nr60 -c 0.6 -n 4 -d 0 -M 16000 -T 16 # 先将阈值设置为60% psi-cd-hit.pl -i nr60 -o nr30 -c 0.3 # 在用psi-cd-hit完成30%的...
使用目的:protein sequence dataset 的去冗余(non-redundancy) 使用工具: cd-hit 在线网站 使用: input:fasta fi...
(1)本文基于Debian 11,安装使用的是CD-HIT 4.8.1。 (2)CD-HIT的安装目录为/opt/cd-hit/4.8.1,需要提前建立。 (3)使用的测试数据是双端测序数据,合并要用到pandaseq,可以参考使用pandaseq合并双端测序实战这篇文章安装。 安装 安装依赖: apt-get install zlib1g-dev ...
Cd-hit在虚拟机的安装与使用 1.下载网址:https://github/weizhongli/cdhit/releases 下载版本:cd-hit-v4.6.8-2017-1208 2.进入到安装目录:如 qiime@qiime-190-virtual-box:~/Desktop/Shared_Folder/cd-hit-v4.6.8-2017-1208$ 3.输入文件为fasta文件,输出文件为fasta/fna文件 ...
使用cd-hit对蛋白质或核酸序列进行聚类 转载自:https://huifangliu.github.io/2018/08/22/%E4%BD%BF%E7%94%A8cd-hit%E5%AF%B9%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B4%A8%E6%88%96%E6%A0%B8%E9%85%B8%E5%BA%8F%E5%88%97%E8%BF%9B%E8%A1%8C%E8%81%9A%E7%B1%BB/...
记英语的英语:Hit it off一见如故用英语怎么说? 覃冠平英语 2025年01月23日 11:36 广西 请在微信客户端打开记英语的英语:Hit it off一见如故用英语怎么说?#学英语#英语 高中英语3500核心词汇英译英:动词系列291个内容 高中英语3500核心词汇英译英...
CD-HIT合并pacbio转录本 Pacbio三代全长转录组采用isoseq3 进行了转录本的筛选,聚类和校正之后得到高质量的转录本序列,可以对序列再进行一定的合并操作。 采用cDNA_Cupcaake 文档中提供的cd-hit方案,运行命令如下: cd-hit-est -i -o -c 0.99 -T 6 -G 0 -aL 0.90 -AL 100 -aS 0.99 -AS 30 参...