1. 编辑 `~/.bashrc`(或 `~/.zshrc`)文件,将 CD-HIT 安装路径添加到 `PATH` 变量。 2. 使用 `source ~/.bashrc` 命令使改动生效。 3. 通过 `which cd-hit` 确认是否能正常访问 `cd-hit` 命令。 要将CD-HIT 的安装路径 /home/zxzhang/0_Tools/cdhit-4.8.1 写入到 Linux 环境变量中,使其...
1. 下载与安装 Cd-hit下载网址为https://github.com/weizhongli/cdhit/archive/V4.6.2.tar.gz,需要在linux系统下操作。解压压缩包后进入软件本体路径,直接输入命令:make,进行编译即可。 2. 输入文件 Cd-hit的输入文件仅有一个fasta格式文件 ,一般来说cd-hit是将几个样品的基因或蛋白序列进行聚类,所以需要将这...
首先对所有序列按照其长度进行排序, 然后从最长的序列开始,形成第一个序列类, 然后依次对序列进行处理,如果新的序列与已有的序列类的代表序列的相似性在cutoff以上,则把该序列加到该序列类中,否则形成新的序列类。 一般使用cd-hit对protein dataset去冗余时,设置一个较低的identity cut-off, 比如0.2-0.5(即相似性...
(1)本文基于Debian 11,安装使用的是CD-HIT 4.8.1。 (2)CD-HIT的安装目录为/opt/cd-hit/4.8.1,需要提前建立。 (3)使用的测试数据是双端测序数据,合并要用到pandaseq,可以参考使用pandaseq合并双端测序实战这篇文章安装。 安装 安装依赖: apt-get install zlib1g-dev 从GitHub上下载CD-HIT源码并编译安装: ...
如何运用“生物信息学”研究某个蛋白?——去除相似度高的蛋白序列+MEGA构建进化树双系统安装Linux系统安装cd-hit去除相似度高的蛋白序列MEGA构建进化树, 视频播放量 6481、弹幕量 9、点赞数 145、投硬币枚数 67、收藏人数 288、转发人数 53, 视频作者 I_am_Becky, 作者简介
cd-hit 是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具,根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列,一般用于构建非冗余的数据集用于后续的实验分析。 cd-hit聚类算法 通常来说,根据序列相似度对序列进行聚类,首先想到的可能是通过计算两两序列之间的相似度对序列进行聚类,这样需要进行all by all的比较,相对来说比较费时...
Cd-hit在虚拟机的安装与使用1.下载网址:https://github/weizhongli/cdhit/releases下载版本:cd-hit-v4.6.8-2017-12082.进入到安装目录:如qiime@qiime-190-virtual-box:~/Desktop/Shared_Folder/cd-hit-v4.6.8-2017-1208$3.输入文件为fasta文件,输出文件为fasta/fna文件4.在虚拟机系统输入是以下格式:./cd-...
使用cd-hit对蛋白质或核酸序列进行聚类 转载自:https://huifangliu.github.io/2018/08/22/%E4%BD%BF%E7%94%A8cd-hit%E5%AF%B9%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B4%A8%E6%88%96%E6%A0%B8%E9%85%B8%E5%BA%8F%E5%88%97%E8%BF%9B%E8%A1%8C%E8%81%9A%E7%B1%BB/...
CD-HIT合并pacbio转录本 Pacbio三代全长转录组采用isoseq3 进行了转录本的筛选,聚类和校正之后得到高质量的转录本序列,可以对序列再进行一定的合并操作。 采用cDNA_Cupcaake 文档中提供的cd-hit方案,运行命令如下: cd-hit-est -i -o -c 0.99 -T 6 -G 0 -aL 0.90 -AL 100 -aS 0.99 -AS 30 参...
他们制作了一张很火的CD.hit 这里指火爆，流行，是非常口语化的popular的意思。这句话也可以说成，they had made a popular CD.