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2. 根据参考基因组的注释信息(例如GENCODE/CCDS),将read alignments与基因、转录本进行比较,看reads是否可map到已知的基因区域。这可以使用一些visual化浏览器进行,如IGV。 3. 对于未map到已知基因区域的reads,可以进行de novo组装,组装成未知的转录本序列。这可以用一些软件工具完成,如Trinity,SOAPdenovo-Trans等。
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