PCA、PCoA和NMDS分析属于非约束性排序分析,而RDA/CCA和db-RDA分析属于约束性排序分析,即分别是在环境因子的约束条件下进行的PCA和PCoA分析。因此,一般主要利用PCA、PCoA或NMDS分析进行样本比较,反映样本间菌群结构的相似性和差异性,从而分析组间样本能否明显区分开;而RDA/CCA和db-RDA分析则多用来阐述环境因子对样本菌...
s.RDA=RDA$CCA$u # 提取样本特征值 s.RDA e.RDA=RDA$CCA$v # 提取物种特征值 e.RDA # 可执行选取排序轴绘制散点图 env.RDA=RDA$CCA$biplot # 提取环境因子特征值 env.RDA # 检查环境因子相关性 ## 整个环境因子对群落变化相关性的显著性 RDA.perm=permutest(RDA,permu=999) RDA.perm ## ...
PCoA1维度将根内样品与根周边和土壤样品很好的分开;而PCoA2能够将不同土壤的样品很好的区分开来;(b)用pairwise-Bray-Curtis相似度对样品进行聚类。 再来看看CCA与RDA分析: 限制性排序主要有CCA分析和RDA分析。RDA基于线性模型,CCA则是基于单峰模型。一般我们会选...
典型的非约束排序有PCA,PCoA,NMDS,CA分析等,约束排序典型例子有RDA CCA等分析;其中RDA就是PCA的约束排序版本,CCA是CA分析对应的约束排序分析方法。 线性模型和单峰模型 所有排序方法都是基于一定的模型之上,这种模型反映物种和环境之间的关系以及在某一环境梯度上的种间关系。最常用的关系模型有两种:一种是线形模型(...
R语言命令Tutorial-更新后,CCA,RDA,PCA,heatmap 一、GeoChip 数据处理 1 准备数据 登录数据库,用户名ieg\jianqiang,PW:ieg123? 选择GeoChip4数据,再次输入用户密码; 点击Prepare microarray data,点击选择要分析的数据,点击submit,勾选“Remove the spots SNR less than 2”,此即为SNR数据;若勾选“Adjust SNR ...
排序方法根据物种对环境梯度的响应模型可分为两类：线性排序（如PCA和RDA，基于线性模型）和非线性排序（如CCA、CA、DCA，适用于单峰响应）。线性排序适用于物种数据量纲相同的情况，而非线性排序则考虑物种在环境梯度上的最适值，更精确反映种-环境和种-种关系。根据是否使用环境因子，排序又可分为约束...
canoco4.5,可用于生物统计学PCA,CCA,CA,RDA等多种分析。试用于windows xp及以下版本。 上传者:qq_28305207时间:2015-05-18 canoco4.5软件 生态学应用软件中用于约束与非约束排序的最流行工具。 上传者:bukeyishikai时间:2012-12-25 canoco软件使用教程
左顾987创建的收藏夹默认收藏夹内容:R语言排序分析(限制性排序、非限制性排序):主成分分析(PCA)、冗余分析(RDA)、主坐标分析(PCoA)、对应分析(CA)、典型范例分析(CCA),如果您对当前收藏夹内容感兴趣点击“收藏”可转入个人收藏夹方便浏览
canoco数据分析CCA、PCA、RDA-教育工具类资源Sc**tt 上传19.33 MB 文件格式 zip 统计学 生态学 在生态学统计分析中用的PCA、CCA、RDA均能通过canoco实现 点赞(0) 踩踩(0) 反馈 所需:1 积分 电信网络下载 项目源码-java学生管理系统 2025-03-01 17:22:35 积分:1 ...
Diagnostic Tools for [Constrained] Ordination (CCA, RDA, DCA, CA, PCA)