cBioPortal是一个专注于癌症基因组学数据的综合性开源平台,由纪念斯隆凯特琳癌症中心(MSK)开发,旨在支持科研人员高效检索、分析和
cBioPortal是一个集检索、下载、分析和可视化癌症基因组学数据于一身的数据库,其整合的基因组数据类型非常广泛,包括体细胞突变、DNA拷贝数改变(CNAs)、mRNA和microRNA(miRNA)表达、DNA甲基化、蛋白质丰度和磷酸蛋白丰度。cBioPortal可以进行多种分析,但最主要的还是与突变相关的各种分析及其可视化。此外,cBioPortal数据库不...
cBioPortal数据库是探索肿瘤的基因组学特征,是从DNA水平进行的,是对机制的进一步研究。基因差异表达、生存分析和免疫浸润分析,上述分析严格意义上讲均属于表型。...今天,我们分享TCGA多组学分析的神器,肿瘤基因组学分析的神器——cBioPortal,不需要注册,登录即可免费
cBioPortal是一个由纪念斯隆凯特琳癌症中心(MSK)开发的基因组数据库,其中包含了大量的突变数据。除了TCGA的数据,MSK还上传了许多自己团队测序并发文的数据,对于从事突变研究的人来说,这是一个非常有用的工具。🌸图1: 进入官网首页后,首先选择合适的癌症类型,然后选取该癌症的队列,最后点击“Explore Selected Studies...
我们可以使用cBioPortal: 1. 对数据库内的所有癌症基因组学数据和临床数据进行访问和下载,支持选择性(自定义筛选)的数据下载; 2. 多维癌症基因组学数据的探索。整合了包括体细胞突变(Mutations)、DNA拷贝数改变(CNAs)、mRNA和miRNA表达量、DNA甲基化、蛋白质丰度、临床信息等数据类型,能够跨基因、样本、患者、数据类...
BiocManager::install("cBioPortalData") library(cBioPortalData) 1. 数据结构 cBioPortalData会将每一个study保存为一个MultiAssayExperiment结构的对象(S4) 例如,我们使用cBioDataPack函数来下载和解析luad_tcga所包含的所有数据 luad <- cBioDataPack(cancer_study_id = "luad_tcga", ask = FALSE) ...
Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal. 大规模的癌症基因组计划,比如The cancer genome atlas(TCGA) and the International cancer genome consortium(ICGC),正在从多技术平台产生更多的癌症基因组数据。这使得这些数据的整合,探索和分析越来越具有挑战性,尤其是对于...
cBioPortal(https://www.cbioportal.org/) cBioPortal网站目前存储DNA拷贝数数据(每个基因的假定,离散值,例如“深度缺失”或“扩增”,以及log2水平),mRNA和microRNA表达数据,非同义突变,蛋白质水平和磷蛋白水平(RPPA)数据,DNA甲基化数据和有限的临床数据等,可以快速获取大规模癌症基因组学项目的分子谱和临床预后相关性...
cBioPortal的数据来源于TCGA, ICGC, GEO等数据库,整合的基因组数据类型包括体细胞突变、DNA拷贝数改变(CNAs)、mRNA和miRNA表达量、DNA甲基化、蛋白质丰度和磷蛋白丰度。cBioPortal可以通过可视化的形式展示癌症研究样本的基因组数据,同时也可以帮助研究人员探索样...
步骤1：进入cBioPortal数据库官网（cbioportal.org），选择感兴趣的数据集或快速检索特定癌种的数据。步骤2：以乳腺癌为例，搜索乳腺癌，选择TCGA数据集，进一步筛选样本量较大的数据集。步骤3：以甲状腺癌中的基因BUB1B为例，搜索甲状腺癌，选择数据集，点击“query by gene”获取基因表达数据，选择带有z...