碳水化合物活性酶数据库（CAZymes，http://www.CAZy.org/）基于蛋白质结构域中的氨基酸序列相似性，将碳水化合物活性酶类归入不同蛋白质家族。该数据库提供了碳化合物合成、代谢、转运等酶的分类和相关信息，这也是宏基因组研究中涉及的专有数据库之一。CAZymes数据库致力于显示和分析碳水化合物活性酶的基因组，结...
已有研究表明,微生物组基因组中的SVs通常与CAZYme等功能基因的获得和丢失有关,所以接下来对CAZymes相关的插入和删除进行研究。数据显示对于高原和低地宿主中普遍存在的肠道菌群菌株(特别是隐杆菌属),由于其基因组中存在插入结构变异,高原个体的基因组比低地个体获得更多的CAZymes。 最后,我们使用gutSMASH将所有与插入和...
在经历连续5年极端干旱事件后,生长季早期和中期极端干旱事件使泥炭地NEE分别平均下降48%和26% 。在早、中期极端干旱事件发生后,参与SOM分解的微生物CAZymes功能基因丰度均呈下降趋势,而在后期呈上升趋势。参与这些分解基因的微生物群落主要来自变形菌门和放线菌门。研究指出NEE变化主要受到土壤水热因子和生态系统总初级...
活性酶(carbohydrate-active enzymes, CAZymes) 能有效解聚木质纤维素底物成为可利用的寡糖与单糖。研究基于转录组技术从反刍动物消化道微生物中筛选获得的碳水化合物活性酶序列,克隆候选基因并在大肠杆菌中进行异源表达,对重组酶进行分离纯化,进一步表征其生化特性。 关键词反刍动物,消化道微生物,宏转录组,CAZyme,...
1.CAZymes功能注释 将前期通过测序组装得到的unigenes基因,通过在线软件dbCAN HMMdb v9 (http://bcb.unl.edu/dbCAN2/index.php) 进行分析注释,该分析网站是基于CAZy数据库 (version:20200730) ,根据CAZy数据库,CAZy中一个家族通常包含多种酶,从功能注释的结果中筛选出属于至少包含一种纤维素酶家族 (Glycoside ...
库来挖掘代谢通路、根据COG注释结果对蛋白进行功能归类,通过CAzyme可以得到碳化合物合成、代谢、转运等酶的分类和相关信息,通过PHI病原与宿主互作数据库预测靶基因以及感染宿主过程中预测的蛋白功能,凌恩生物提供将近20大个性化数据库的功能注释,可同时满足不同需求的客户,本期我们来介绍碳水化合物活性酶(CAZymes)数据库...
库来挖掘代谢通路、根据COG注释结果对蛋白进行功能归类,通过CAzyme可以得到碳化合物合成、代谢、转运等酶的分类和相关信息,通过PHI病原与宿主互作数据库预测靶基因以及感染宿主过程中预测的蛋白功能,凌恩生物提供将近20大个性化数据库的功能注释,可同时满足不同需求的客户,本期我们来介绍碳水化合物活性酶(CAZymes)数据库...
为了进一步研究高原宿主肠道微生物组中CAZymes基因丰度较高的可能因素,通过比较上述过程中生成的每个物种簇中的MAGs来检测结构变异(SVs),包括插入、缺失、重复、易位等(图3c)。鉴定结果显示84.98%的SVs为插入(88,256个;41.35%)和缺失(93,142个;43.63%)(图3d),这可能是导致肠道微生物组功能基因得失的因素之一。
碳水化合物活性酶 (carbohydrate-active enzymes, CAZymes) 能有效解聚木质纤维素底物成为可利用的寡糖与单糖。研究基于宏转录组技术从反刍动物消化道微生物中筛选获得的碳水化合物活性酶序列,克隆候选基因并在大肠杆菌中进行异源表达,对重组酶进行分离纯化,进一步表征其生化特性。 关键词:反刍动物,消化道微生物,宏转录...
库来挖掘代谢通路、根据COG注释结果对蛋白进行功能归类,通过CAzyme可以得到碳化合物合成、代谢、转运等酶的分类和相关信息,通过PHI病原与宿主互作数据库预测靶基因以及感染宿主过程中预测的蛋白功能,凌恩生物提供将近20大个性化数据库的功能注释,可同时满足不同需求的客户,本期我们来介绍碳水化合物活性酶(CAZymes)数据库...