最后应用CAZyme-specific决策树模型,通过催化残基保守性评分排除伪阳性,该方法在芽孢杆菌基因组测试中将假阳性率从17%降至4.2%。 膜结合型CAZymes的识别需要特殊处理流程。在完成常规注释后,额外运行LipoP1.0预测脂蛋白信号肽,联合PSORTb3.0进行亚细胞定位分析。对定位在细胞膜或外膜的候选蛋白,需检索TCDB数据库确认转运...
在宏基因组学中,研究者通常通过对环境样本中的全部DNA进行直接测序,来了解整个微生物群体的基因组信息,包括各种功能基因,如 CAZy 酶。 以下是宏基因组学分析中涉及 CAZy 酶的一般步骤: 1. **样本采集:** 从环境中采集样本,这可能包括土壤、水体、肠道内容物等。这些样本可能包含丰富的微生物群体,包括细菌、真菌...
宏基因组CAZy基因数据比对分析软件是由杭州拓宏生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2017SR062237,属于分类,想要查询更多关于宏基因组CAZy基因数据比对分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
在经历连续5年极端干旱事件后,生长季早期和中期极端干旱事件使泥炭地NEE分别平均下降48%和26% 。在早、中期极端干旱事件发生后,参与SOM分解的微生物CAZymes功能基因丰度均呈下降趋势,而在后期呈上升趋势。参与这些分解基因的微生物群落主要来自变形菌门和放线菌门。研究指出NEE变化主要受到土壤水热因子和生态系统总初级...
基于宏基因组数据，可以通过NR数据库进行物种注释，还可以进行功能挖掘，比如通过KEGG数据库来挖掘代谢通路、根据COG注释结果对蛋白进行功能归类，通过CAzyme可以得到碳化合物合成、代谢、转运等酶的分类和相关信息，通过PHI病原与宿主互作数据库预测靶基因以及感染宿主过程中预测的蛋白功能，凌恩生物提供将近20大个性化数据...
1.CAZy功能注释 将前期测序组装得到的unigenes基因,通过在线软件dbCAN HMMdb v9(/dbCAN2/index.php) 进行分析注释,该分析网站是基于CAZy数据库 (version:20200730),根据CAZy数据库,CAZy中一个家族通常包含多种酶,从功能注释的结果中筛选出属于至少包含一种纤维素酶家族(Glycoside Hydrolases,GHs—GH1、GH3、GH5等...
具体来说与三个潜在因素有关:第一,高原宿主中一些具有较高CAZyme活性的核心肠道微生物群丰度较高;第二,高原宿主中一些核心肠道微生物群存在具有较高CAZyme编码基因的适应性基因组结构变异(SVs);第三,高原宿主通过其他具有较高CAZyme编码基因的进化和物种形成模式建立了独特的肠道微生物群。
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与扩增子测序相比,宏基因组测序不仅对于物种鉴定精度更高,更能同时注释KEGG、CAZy、COG、CARD等功能数据库,获得数倍于扩增子测序的微生物组组成及功能信息。今天继续大家分享宏基因测序的数据分析相关问题~Q1:物种和功能对应关系如何查找?答:以KEGG的注释结果为例:可查找结果文件7-FunctionAnnotation/1.KEGG/Unigenes....
通过对微生物群落中的所有DNA进行高通量测序,宏基因组测序分析技术不仅能获得环境样品中所有微生物的分类信息、丰度信息,还能获得16S扩增子测序难以获得的功能信息。而且,随着功能基因组学的发展,出现了很多可以注释基因功能的数据库,例如, KEGG、GO、EggNOG/COG、Metacyc、ENZYME、CAZy和CARD等。利用这些数据库注释宏...