计算单点突变自由能是分子稳定性改造的”老套路”。FoldX以及ddg_monomer application已经久经实战考验(具体用法参考前人总结:http://bioengx.hk1.91site.net/rosetta-ddg_monomer/)。今天我们就来说说Rosetta新一代的预测方法: Cartesian_ddG。 1 Cartesian_ddG方法概述 参考: Hahnbeom Park, Philip Bradley, Per ...
$ROSETTA/source/scripts/python/public/molfile_to_params.py -n LIG --extra_torsion_output lig_bcc_gaff.mol2 2.2.2 Relax预处理 使用两步Relax对初始结构进行优化, Rosetta处理小分子会有问题(NH经常会变形),尤其是使用cart的时候,因此我们在预处理时,需要附带上限制进行。 内坐标Relax运行以下命令: # 合...
Rosetta_ddG_calculations.ipynb Created using Colaboratory Feb 7, 2024 Repository files navigation README Notebooks with Rosetta and Pyrosetta applications NotebookKeywords Protein mutational free energy (ΔΔG) prediction: Application to Rep68 origin binding domainfree energy calculation, cartesian_ddG, Fas...