RGI main:Resistance Gene Identifier根据protein or nucleotide数据,预测耐药性 在线预测:The Comprehensive Antibiotic Resistance Database 命令行:https://github.com/arpcard/rgi 2.card数据库下载 2.1 下载 目前为3.2.9版本 wget https://card.mcmaster.ca/download/0/broadstreet-v3.2.9.tar.bz2 tar -xvf br...
1. 打开Card数据库客户端工具,连接到目标数据库。 2. 在工具栏或菜单中选择“新建数据库”选项。 3. 输入数据库名称和描述信息,并选择合适的存储引擎。 4. 点击“确定”按钮,等待数据库创建完成。 四、创建卡片表 1. 在数据库中创建新的表格,用于存储卡片信息。 2. 定义表格的字段,包括卡片编号、卡片类型、...
而CARD(the Comprehensive Antibiotic Research Database)数据库包含了ARDB数据库中所有抗性信息,并搭建了一个基于志愿者贡献的数据共享平台,做到了实时更新保证了数据的有效性。目前,CARD数据库收集了超过1600个已知的抗生素抗性基因。 耐药基因预测 在CARD数据库网站,点击Analyze选项可进入耐药基因预测界面。耐药基因预测分...
CARD主页 CARD (the Comprehensive AntibioticResearch Database)数据库是加拿大生信人员在2013年发布的抗性基因数据库,它包含了ARDB数据库中所有的抗性信息。 CARD以Antibiotic Resistance Ontology(ARO)为分类单位的形式所构建,其中ARO是数据库所构建term,用于关联抗生素模块及其目标、抗性机制、基因变异等信息。 数据库的地...
数据库描述 CARD数据库(http://arpcard.mcmaster.ca)核心是ARO(Antibiotic Resistance Ontology), ARO包含了与抗生素抗性基因,抗性机制,抗生素和靶相关的term,如图所示。2017年发表的文章中,更新了数据库的相关功能,其中也提到了其他本体论,如用于描述抗生素抗性基因预测模块和参数的MO,定义不同term之间关系类型的RO,以...
CARD数据库(http://arpcard.mcmaster.ca)核心是ARO(Antibiotic Resistance Ontology), ARO包含了与抗生素抗性基因,抗性机制,抗生素和靶相关的term,如图所示。2017年发表的文章中,更新了数据库的相关功能,其中也提到了其他本体论,如用于描述抗生素抗性基因预测模块和参数的MO,定义不同term之间关系类型的RO,以及描述CARD中...
数据库描述 CARD数据库(http://arpcard.mcmaster.ca)核心是ARO(Antibiotic Resistance Ontology), ARO包含了与抗生素抗性基因,抗性机制,抗生素和靶相关的term,如图所示。2017年发表的文章中,更新了数据库的相关功能,其中也提到了其他本体论,如用于描述抗生素抗性基因预测模块和参数的MO,定义不同term之间关系类型的RO,以...
CARD (The Comprehensive Antibiotic Resistance Database) CARD是抗性基因数据库,是一个集合了抗药基因包括抗生素的数据库。通过序列同源性的比对就可以得到相应的抗性基因注释结果,能够看到基因的抗性类型、机制等信息。同时该数据库还提供画图功能,高效实用。 网址: https://card.mcmaster.ca/ annoation ...
基于Reads进行CARD数据库比对时,首先需要将测序的序列比对至CARD database,之后再提取抗生素耐药基因的注释信息; RGI可以使用Bowtie2, BWA或KMA将FASTQ格式的短DNA序列与CARD的蛋白同源模型进行比对。默认的和推荐的比对工具是KMA,因为它对冗余数据库(如CARD)有更好的性能。尽管CARD并非冗余的数据库; ...
中国审计与风险数据库-CARD 1 数据库简介 中国审计与风险数据库(Chinese Audit and Risk Database, CARD)是基于对中国公司审计与风险的深入考察和了解,建立的详细、准确和全面的公司审计与风险研究专业数据库。该库不仅包括中国注册会计师的个人特征和会计师事务所的基本信息,涵盖了这些事务所对上市公司出具的审计意见...