bwa-mem2的用法 bwa-mem2( https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2 ) bwa-mem2是指令集优化版bwa mem,它产生与bwa相同的对齐,并且速度约为1.3-3.1倍,具体取决于用例、数据集和运行机器,近期的版本极大降低了内存和存储使用量(使用了FM-index,和 8x compression) 最初的bwa是由李恒开发的. bwa-mem2的性...
bwa-mem2:下一个版本的bwa-mem-源码 开发技术 - 其它Wt**lt 上传264KB 文件格式 zip 重要信息 我们很高兴地宣布,由于仅使用一种类型的FM索引(2bit.64而不是2bit.64和8bit.32)和8x压缩,因此磁盘上的索引大小减少了8倍,内存中的索引大小减少了4倍后缀数组。 例如,对于人类基因组,磁盘上的索引大小从〜...
运行速度第二个很快,大约8个小时的时间,bwa-mem2可以得到50G的比对结果,而bwa的结果是5.7Gb,真的是超级快了. 但是也存在一些问题,那就是在投任务的时候,bwa-mem2的第二个任务被kill了,看了一下报错结果,显示segmentation fault。但是使用bwa就不存在这个问题,个人更倾向于该版本的问题,但是还没有很好的解决方法。
天盼夜盼,Bwa-mem2 正式版终于发布了 这个是版本发布的截图 看下这个软件的对应的文章 Efficient Architecture-Aware Acceleration of BWA-MEM for Multicore Systems 摘要如下: Abstract: Innovations in Next-Generation Sequencing are enabling generation of DNA sequence data at ever faster rates and at very ...
官网介绍 GitHub - bwa-mem2/bwa-mem2: The next version of bwa-mem (WIP; not recommended for production uses at the moment)重点内容 两种安装方法 对参考基因组建立索引 一共生成了7个文件，其中最大的是190G，之后使用bwa-mem2测试了一下数据 运行速度第二个很快，大约8个小时的时间，bwa...
The tool bwa-mem2 is the next version of the bwa-mem algorithm inbwa. It produces alignment identical to bwa and is ~1.3-3.1x faster depending on the use-case, dataset and the running machine. The original bwa was developed by Heng Li (@lh3). Performance enhancement in bwa-mem2 was ...
git clone --recursive https://github.com/bwa-mem2/mm2-fast.git mm2-fast cd mm2-fast && make ./minimap2 -ax map-ont test/MT-human.fa test/MT-orang.fa --max-chain-skip=1000000 > mm2-fast_output git clone https://github.com/lh3/minimap2.git -b v2.24 cd minimap2 && make ./min...
1. unpack bwa-mem2-2.0pre1-X-src.tar.xz 2. if you use setup to install this src package, it will be unpacked under /usr/src automatically % cd /usr/src % cygport ./bwa-mem2-2.0pre1-X.cygport all This will create: /usr/src/bwa-mem2-2.0pre1-X-src.tar.xz /usr/src/bwa-...
(GRCh38 primary contigs + decoy contigs, but no ALT contigs nor HLA genes). Additionally, while the per sample wall clock runtime is slightly longer with a range of 10%, BWA-MEM2 still gives the advantage of being around ~2X faster to its precedence, BWA-MEM, as we have found ...
bwa-mem2 is out and it should 80% faster than bwa-mem. Wow! https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2