(转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细胞测序不同于传统的高通量测序,它是对于一个细胞群中的某一个细...
普通转录组测序（Bulk RNA-seq）是提取组织、器官、群细胞的TotalRNA进行测序，得到的是一群细胞中单个基因的平均表达水平，用来比较不同组织间的表达差异，但对内部细胞异质性较强的系统很多异常基因表达的信息会出现丢失。单细胞转录组测序（scRNA-seq）在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱，反映细胞异质性，但...
bulk RNA-seq | 下游分析 | 基因集富集分析 GSEA- clusterProfilermp.weixin.qq.com/s/Ky6ig9fTp6YdcgQ8ohxN1g 参考文章:bulk RNA-seq | 下游分析 | 基因集富集分析 GSEA- clusterProfiler参考文章: 1、科研小白要知道:新版TCGA数据分析实战——富集分析可视化,GO、KEGG、Reactome、Do、MSigDB的GSEA富集分析...
流式或LCM样本具体是对某个细胞类型或者亚型区域的样本进行普通转录组测序(bulk RNA-seq),所以该方法得到的测序数据就是代表单个细胞类型或者组织区域的基因表达特征数据,所以普通转录组与单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据的关联分析主要就是结果的相互验证和双维度的诠释细胞/基因的表达机制。 01 两组学的相关性分析...
bulk在这里特指bulk RNA-seq,也就是正常的RNA-seq 用途是在scRNA-seq里,看不同treatment下有什么差异表达基因。 在scRNA-seq 里想找不同treatment下的differential expression gene常常会用FindMarkers,然后把ident.1和ident.2设置成想对照的两组。 但由于统计方法的原因,以单个细胞为单位的差异表达是一件很难的事...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2535、弹幕量 0、点赞数 99、投硬币枚数 53、收藏人数 369、转发人数 31, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
该研究整合了Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统探索了UTI在脓毒症中的潜在机制。结果显示,UTI通过是调节中性粒细胞活性来介导免疫调节作用。UTI对改善器官功能障碍的严重程度起着有益的作用。进一步的分析发现,与中性粒细胞具有形...
scRNA-seq和bulk RNA-seq 揭示与浆液性卵巢癌中较差总生存率相关的配受体。 研究背景: 浆液性卵巢癌是妇科肿瘤中死亡的主要原因,本研究全面揭示了肿瘤微环境中癌症相关的成纤维细胞(CAFs)和癌细胞之间的串扰,确定介导细胞通讯和干扰通路的关键配受体。
RNA-seq reads 分布 小云爱生信 382 0 第三讲 | R语言-R语言与Rstudio安装【寻因生物单细胞生信分析培训】 寻因生物 1038 1 刚确诊就进入生命倒计时!这类罕见病有多可怕? Z7正版老鸽 4.6万 142 第二期 | 创造10年无癌传奇的CAR-T疗法未来将走向何方?【单细胞很忙】 寻因生物 144 0 展开 ...
Bulk RNA-seq技术原理: 1. 提取RNA:从样品中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等。 2. RNA库构建:将提取的RNA进行反转录,并通过PCR扩增,构建成RNA-seq文库。 3.测序:将文库通过高通量测序技术测序,得到大量的RNA序列数据。 4. 数据分析:对RNA序列数据进行质量控制、比对到基因组和转录组、基因表达量计算和差异...