【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2544、弹幕量 0、点赞数 99、投硬币枚数 53、收藏人数 370、转发人数 31, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
结合scRNA-seq数据中来自肿瘤相关簇的1225个标记物和bulk RNA-seq数据中来自“蓝色”模块的5766个基因,提取了243个共有基因用于预后模型构建(图2e)。 使用来自scRNA-seq数据和bulk RNA-seq数据的共同基因进行预后模型开发和验证 根据LASSO Cox回归分析的结果,从上述共有基因中鉴定出20个潜在的预后基因(图3a)。作者...
通过结合bulk RNA数据,构建并验证了T细胞标记基因的预后风险模型。此外,使用CIBERSORT分析了TNBC的免疫浸润细胞,并研究了风险模型和对免疫疗法的反应之间的关联。 主要结果 1. TNBC中的细胞类型分析 GSE176078数据集的scRNA-seq数据在去除低质量细胞、标准化、整合和PCA之后,25932个细胞被分成14个簇(图1B),通过标记...
结合scRNA-seq数据中来自肿瘤相关簇的1225个标记物和bulk RNA-seq数据中来自“蓝色”模块的5766个基因,提取了243个共有基因用于预后模型构建(图2e)。 使用来自scRNA-seq数据和bulk RNA-seq数据的共同基因进行预后模型开发和验证 根据LASSO Cox回归分析的结果,从上述共有基因中鉴定出20个潜在的预后基因(图3a)。作者...
RNA-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:mubu.com/doc/38y7pmgzLg 密码:p6fo 图表也很容易理解,就是差异分析的火山图和上下调基因独立的生物学数据库注释: 传统的转录组数据走差异分析,拿到了感兴趣的基因集后,通常是做超几何分布检验看看富集到了什么生物学功能数据库,比如KEGG或者GO数据库,或者走gsea/gsva这样...
单细胞RNA-seq（scRNA-seq）能够发现有关细胞转录组异质性的信息和潜在的基因表达分布。在本研究中，作者使用scRNA-seq和批量RNA-seq数据进行了系统生物信息学分析，以构建BLCA患者的预后模型，并有两个外部验证队列来验证其分层风险的能力。同时概述了免疫渗透景观，并确定了它如何促进BLCA的发展。此外作者探究了风险...
RNA-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/38y7pmgzLg密码:p6fo 图表也很容易理解,就是差异分析的火山图和上下调基因独立的生物学数据库注释: 传统的转录组数据走差异分析,拿到了感兴趣的基因集后,通常是做超几何分布检验看看富集到了什么生物学功能数据库,比如KEGG或者GO数据库,或者走gsea/...
零代码实现预后模型构建 快速完成单因素多因素COX模型、独立预后、绘制生存曲线、ROC曲线、列线表 | 翰佰尔生物 翰佰尔生物 捡羊毛的咩 49:55 【3】单细胞分析零代码操作流程 单细胞技术原理 质控标准化 Maker基因鉴定 差异基因富集分析【翰佰尔生物】 翰佰尔生物 18:40...
这篇文章虽然题目里面涉及单细胞,但是文章内容单细胞分析并不多,大部分是转录组bulk RNA-seq分析,如果进一步进行单细胞高级分析:细胞通讯分析,拟时序分析等,可能文章会更出彩。但是文章基础实验很扎实,做了很多工作,特别是根据某一个特点的科学问题系统筛选出关键基因,最后再通过实验进行验证的思路值得我们学习。但是Maji...
RNA-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https:///doc/38y7pmgzLg 密码:p6fo 图表也很容易理解,就是差异分析的火山图和上下调基因独立的生物学数据库注释: 标准差异分析后的经典图表 传统的转录组数据走差异分析,拿到了感兴趣的基因集后,通常是做超几何分布检验看看富集到了什么生物学功能数据库,比如KEGG或者GO数...