软件名称BULK_RNAseq科研软件 软件简称-版本号V1.0 登记号2024SR2090790分类号- 著作权人圣湘(北京)基因科技有限公司首次发表日期- 登记日期2024-12-16 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12025-01-16基于NGS数据的HLA分型生信分析软件-2025SR0108298V1.0 ...
bulk RNA 数据合并R语言 r语言rnaseq 数据gsea分析 目前基于RNA做分析的文章中几乎都有 GSEA 的分析内容,并且都是出现在正文,那么这个也是表达基因筛选的一种重要方式,下面我将整个流程梳理一下,供大家参考。 GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,它的基本思想是使用预定义的基因,将基因按照在两类...
数据在:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE117309 代码语言:javascript 代码运行次数:0 AI代码解释 GSM3290887H3K4me3_scChIPseq_Jurkat-RamosGSM3290888H3K27me3_scChIPseq_Jurkat-RamosGSM3290889H3K27me3_scChIPseq_HBCx-95GSM3290890H3K27me3_scChIPseq_HBCx-95-CapaRGSM3290891H...
重叠于多个 meta-feature 对 RNA-Seq 实验建议不计算,因为无法得知该 reads 究竟来自哪个基因;对于 CHIP-Seq 建议计算。因此用 featureCounts 定量转录本是不合适的,因为同一基因的转录本有大量重合区域。 featureCounts 用 BAM 文件 "NH" 标签获取多比对信息。默认只计算唯一比对(primary),不计算多比对。用-M参数控...
Samll RNA上游分析 4. 转录组下游分析 批量做差异分析及图形绘制 | 基于DESeq2差异分析 GO和KEGG富集分析 单基因GSEA富集分析 全基因集GSEA富集分析 小杜的生信筆記,主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!
软件名称Bulk RNA-seq 免疫细胞浸润计算器软件 软件简称-版本号V1.0 登记号2024SR1584864分类号- 著作权人北京概普生物科技有限公司首次发表日期- 登记日期2024-10-22 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12024-12-09CNV进化树绘图及注释软件-2024SR2026829V1.0 ...
一般来说 RNA-Seq 重复率会比较高。ATCG 碱基占比容易出现前面碱基不稳定。多查看几个样本表现,如果波动模式差不多说明是随机引物不随机导致的,可以选择移除或不移除。 ATCG 占比前面碱基有波动 hisat2 比对 比对推荐 hisat2 不推荐 bowtie2. 因为 bowtie2 对剪切不友好,即使提高--maxins参数允许更长的片段...
软件简称Bulk RNA数据分析软件版本号V1.0 登记号2023SR0054858分类号- 著作权人南京江北新区生物医药公共服务平台有限公司首次发表日期- 登记日期2023-01-10 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12025-04-10健康医疗大数据(东部)中心公共服务管理小程序用户端系统东部中心小程序2025SR0600014...