Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw fast.gz文件 > 60G,且需要专门的软件,例如10x Genomics 需要配合CellRanger软件;墨卓单细胞测序平台需要配合Mobivision软件;非常消耗运存和内存,一般情况下需要利用服务器做...
bulk RNA-seq | 下游分析 | 基因集富集分析 GSEA- clusterProfilermp.weixin.qq.com/s/Ky6ig9fTp6YdcgQ8ohxN1g 参考文章:bulk RNA-seq | 下游分析 | 基因集富集分析 GSEA- clusterProfiler参考文章: 1、科研小白要知道:新版TCGA数据分析实战——富集分析可视化,GO、KEGG、Reactome、Do、MSigDB的GSEA富集分析...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】 01:13:51 【2】预后模型构建和多种验证方法 单因素多因素COX模型 独立预后 绘制生存曲线 ROC曲线 验证方法【翰佰尔生物】 01:07:14 【3】单细胞分析零代码操作流程 单细胞技术原理...
RNA-seq reads 分布 小云爱生信 382 0 第三讲 | R语言-R语言与Rstudio安装【寻因生物单细胞生信分析培训】 寻因生物 1038 1 刚确诊就进入生命倒计时!这类罕见病有多可怕? Z7正版老鸽 4.6万 142 第二期 | 创造10年无癌传奇的CAR-T疗法未来将走向何方?【单细胞很忙】 寻因生物 144 0 展开 ...
该研究整合了Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统探索了UTI在脓毒症中的潜在机制。结果显示,UTI通过是调节中性粒细胞活性来介导免疫调节作用。UTI对改善器官功能障碍的严重程度起着有益的作用。进一步的分析发现,与中性粒细胞具有形...
今天我们来学习Bulk RNA-seq数据(蛋白质组和单细胞转录组数据可适用)常用的一种数据可视化形式:gene ontology(GO)富集图!与上期的框架相似,本期主要分享以下3个方面: 一、GO富集图的常见呈现形式? 二、为什么要用GO富集图(使用GO富集图的常见目的)?
2.Bulk RNA-seq& scRNA-seq联合分析有哪些？scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支，所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证，基于表达模式相关性，利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估，明确单细胞测序分析结果的准确性，或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& ...
这篇文章将深入探讨bulk RNA-Seq数据清洗的重要步骤。作为最常用且适合生物信息学入门的技术，bulk RNA-Seq通过收集所有细胞的总RNA（mRNA）并取平均值，为我们提供了每个基因表达量的概览。从实验室获取的原始数据通常是fastq格式，这是数据处理的起点。首先进行质量控制和过滤，常用工具如fastp和fastqc。
流式或LCM样本具体是对某个细胞类型或者亚型区域的样本进行普通转录组测序(bulk RNA-seq),所以该方法得到的测序数据就是代表单个细胞类型或者组织区域的基因表达特征数据,所以普通转录组与单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据的关联分析主要就是结果的相互验证和双维度的诠释细胞/基因的表达机制。
研究共选取了3个GEO数据集,其中既有scRNA-seq数据,也有bulk RNA-seq数据;既有人类AD患者的数据,也有AD小鼠的数据,两种数据相结合是本文的亮点之一。 此研究采用常规的单细胞分析流程,用AUCell包评估免疫相关基因集在细胞中的活性,此外还有常用的功能富集分析和PPI网络等。