在bsub 命令中指定内存参数,可以通过 -R 选项来实现。-R 选项允许用户为作业指定资源需求,包括内存需求。以下是如何在 bsub 命令中指定内存参数的详细步骤: 使用-R 选项:-R 选项后面跟的是资源需求表达式。在这个表达式中,可以使用 rusage 关键字来指定内存需求。 内存需求表达式:通常的格式是 rusage[mem=<val...
bsub -n 2 -R "affinity[core(5,same=numa):cpubind=numa:membind=localonly]" myjob 以下作业在单个 NUMA 节点上绑定多线程作业: bsub -n 2 -R "affinity[core(3,same=numa):cpubind=numa:membind=localprefer]" myjob 以下作业跨套接字分发任务。 每个任务都需要来自同一套接字的两个核心,并在套...
为了能够在BSUB系统上提交R作业,需要学会使用命令行运行R编写的脚本。在linux下可以使用R CMD BATCHd等一系列命令。 具体使用方法查看文档man R;man Rscript 第一种方法:R CMD BATCH[options]infile[outfile] options:默认--restore -- save --no-readline;--help查看帮助信息;--version查看R版本;--slave只打...
bsub -R "affinity[core(1,exclusive=(socket,alljobs))]"is an example of a single threaded serial job asking for a core that it would like to have exclusive use of a socket across all jobs. Compare this with examples (1) and (2) above of a jobs simply asking for a core or socket....
可以使用-R resource_expression选项指定任务所需的资源条件,例如:bsub -R "rusage[mem=512]" sub_command,表示sub_command任务需要512MB的内存资源。 需要注意的是,bsub命令的高级用法可能因不同的操作系统和bsub版本而有所差异,具体的用法可以参考操作系统的文档以及bsub命令的帮助文档。
例如,`bsub -R "span[hosts=1]" myscript.sh`表示作业需要一个计算节点来运行。 6. 作业重试(Job Retry) 可以通过使用`-r`参数来设置作业的重试次数。例如,`bsub -r 3 myscript.sh`表示如果作业失败,会自动重试3次。 7. 作业通知(Job Notification) 8. 作业提交脚本(Job Submit Script) 可以通过使用`...
目前我发现想要用bsub命令指定在特定的conda虚拟环境中运行脚本有两种办法:1. 在运行目标命令前使用source命令加载虚拟环境。例如下面要运行base环境中的spades.py命令:#BSUB -q 5220r#BSUB -n 1,48#BSUB -J spades_hq#BSUB -o spades_hq.o...
-r rerun选项,即作业失败后自动重新运行,提交大量作业时此选项比较有用; example: /tools/xxx/xxx/bsub -q normal -P AnIP -K -C 0 上面-q 后面跟queue的名字;-P后面跟project名字; 常用命令之bqueues 查询所有queue的状态 QUEUE_NAME:队列名称
bsub -n 2 -R "affinity[core(2,same=socket,exclusive=(socket,injob|alljobs)): cpubind=socket]" myjob 다음 작업은 하나의 NUMA 노드에서 작업 태스크를 압축합니다. bsub -n 2 -R "affinity[core(1,exclusive=(socket,injob)):distribute=pack(numa= ...
bsub -J my_job -R "span[hosts=1]" my_command 这个命令将会以my_command作为任务命令,要求作业在一个单独的节点上运行。作业的名称为my_job。 5. bsub 的高级用法 除了上述基本用法外,bsub 还提供了一些高级功能,用于更复杂的任务管理。 5.1 依赖关系 可以使用-w参数指定一个或多个依赖关系,以确保某些任...