bsr-seq基本原理bsr-seq基本原理 bsr-seq全称为Barcode Splitting Reads Sequencing,是一种高通量测序技术。其基本原理是将待测样本分成多个条码组,每组样本带有唯一的DNA条码。每个条码组内的样本共同被随机断裂成小片段,这些小片段则被混合在一起进行测序。 在测序后,使用计算机程序将不同小片段的DNA序列根据其含有...
研究人员通过BSR-Seq分析,进一步研究了CsFAOMT1和CsFAOMT2在不同茶叶组织和种质中的表达水平与相应O-甲基化儿茶素含量之间的关系,进一步揭示了结构特征和催化机制。 图1 O-甲基化儿茶素的生物合成途径 研究材料与方法 1.实验材料 金萱JX,紫娟ZJ及其F1杂交群体 2.测序平台 Illumina NovaSeq 3.分析内容 BSR分析,差异...
GATK官方RNA-seq calling流程 最新版的BSR分析流程 流程参考 WT 3个单株,混池。三个技术重复。 NS (实验组) 3个单株,混池。三个技术重复。 3个数量有点少,就暂且练习BSR吧。 小麦的BSR BSR和BSA的比对方式不一致。 基于DNA水平的重测序,可以测到所有的碱基变化情况,需要整个基因组比对。
利用BSR-Seq定位小麦品种郑麦103抗条锈病基因YrZM103
BSRSeq基因定位技术体系建立过程中,需要构建基因组锚定 文库,对文库进行高通量测序,以及进行序列比对和分析。该技术在 基因功能研究、遗传学和进化等领域都有广泛的应用。 在小麦研究中,BSRSeq基因定位技术已经被广泛应用于基因定位和 染色体结构研究。例如,研究者利用该技术成功定位了与小麦白粉病 抗性相关的基因Pm21,...
聚焦于BSR-seq分析，此技术基于两个极端混池的转录组测序数据，通过ED方法进行统计计算。在数据处理的前期阶段，首先进行比对和排序。接着，使用bcftools工具进行变异检测，确保数据质量。变异检测后，通过ED方法进行统计计算，并绘制出相应的图表，以直观呈现分析结果。团队成员可通过加入学习交流群，共同探讨...
每个类别混合建库，转录组测序 （2）叶绿素和类胡萝卜素的测定，表皮蜡质的测定 （3）qRT-PCR 结论：在杂交种群上使用BSR-seq消除了遗传背景和个体差异的某些干扰作用，从而帮助本研究集中研究了控制黄叶茶树叶片颜色变化的关键基因。注：算是BSR-seq在茶学研究中的第一次尝试。从BSR-seq的定义中可以看出，本研究只...
进一步,我们利用EMS处理,筛选到了4个Pm52和Pm2均丧失功能的感病突变体,对Pm2位点进行了外显子测序分析,结合前期我们已经完成的BSR-Seq分析结果,在Pm2精细定位区间内,发现了10个基因在4个突变体中均发生了错义突变,其中4个基因与BSR-Seq得到的差异表达基因重合,说明这4个基因可能参与了该位点介导的白粉病抗性,目前...
基于BSR-Seq 的软枣猕猴桃抗寒基因挖掘及验证61 4.1 枝条中β-淀粉酶活性和可溶性糖含量62 4.2Illumina和PacBio 转录组测序结果63 4.3 低温诱导基因的功能注释64 4.4 差异表达基因筛选及GO、KEGG 富集分析68 4.5 差异表达基因的变异位点分析70 4.6BSR-Seq 差异表达基因的qRT-PCR 验证72 5. 候选抗寒基因CBF 的序列...
为了研究甘蔗脱叶性相关的主效、稳定基因，本研究采用BSR-Seq 技术，从‘ROC25’ב云蔗89-7’的F1后代中选取极端难脱叶品系和极端易脱叶品系的+6叶位叶鞘离区，分别构建混池，并和亲本一起进行RNA 转录组测序分析，共得到60.46 Gb 的有效片段，4个样品的Q30值均在93%以上，GC 含量都大于51%，与参考基因...