本发明的小麦BSR-Seq基因定位的方法,不依赖于参考基因组序列、低成本、快速、精度高。 本发明将下一代转录组测序技术(转录组测序,RNA-Seq)和混池技术(Bulked Segregant Analysis,BSA)相结合解决相关问题。首先,利用小麦测序草图序列(International Wheat Genome Sequencing Consortium 2014)作为参考序列,虽然其基因组覆盖...
可利用的方法:利用R5,R11标记筛选群体中与Yr基因共分离到的株系与感病亲本回交得到子代后继续筛选交换单株,并对交换单株进行RNA-seq分析,结合本文的研究结果可期将Yr基因定位到候选基因水平。 参考: Ramirez Gonzalez R H, Segovia V, Bird N, et al. RNA Seq bulked segregant analysis enables the identificatio...
1.2. 下载安装USeq软件 wget https://github.com/HuntsmanCancerInstitute/USeq/releases/download/USeq_9.3.1/USeq_9.3.1.zip unzip USeq_9.3.1.zip 2. 构建参考基因组索引 该索引用于后面Hisat2比对 hisat2-build ./B73_v5.fa B73_v5.fa 3. 利用Hisat2进行序列比对 mkdir 01Cleandata 02Alignment ...
进行BS-seq数据初步分析和预处理;结合不同研究背景和实验需求对基因表达量进行深入探讨和评估;开展差异表达基因和基因调控机制的分析研究;同时完成整个数据分析流程的梳理和优化。 ,理想股票技术论坛
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