seqnames(BSgenome.Triticum.aestivum.IWGSC) #获取染色体长度信息 seqlengths(BSgenome.Triticum.aestivum.IWGSC) #获取指定染色体的序列,因为R不识别数字开头的变量,所以$1A要写成$"1A",而$Un则可以直接写成$Un A1=BSgenome.Triticum.aestivum.IWGSC$"1A" Un=BSgenome.Triticum.aestivum.IWGSC$Un ...
简介Bioconductor提供了某些物种的全基因组序列数据包,这些数据包是基于Biostrings构建的,称为BSgenome数据包。BSgenome数据包内包含的序列为...
seed文件生成以后,就可以直接构建BSgenome包了,这里构建BSgenome包的具体命令如下: seed_file="gene.物种.seed"#seqs_srcdir;destdir 序列文件所在以及输出的位置forgeBSgenomeDataPkg(seed_file,seqs_srcdir=getwd(),destdir=getwd(),verbose=TRUE,unlink=TRUE)#forgeBSgenomeDataPkg(seed_file, verbose=TRUE...
为了构建小麦的BSgenome，首先需要准备基因组序列文件和seed文件。基因组序列文件应为2bit格式，seed文件则可以使用已有的拟南芥种子文件，复制后进行相应的修改以适配小麦。接下在R中构建小麦的BSgenome。通过运行特定的R脚本，将会在当前目录下生成一个名为BSgenome.Triticum.aestivum.IWGSC的文件夹。该文件夹...
由于'bsgenome'包依赖于'biocgenerics',如果'biocgenerics'已正确安装但仍然出现问题,也可能是'bsgenome'包本身的问题。你可以尝试更新或重新安装'bsgenome'包: R BiocManager::update("bsgenome") # 或者 BiocManager::install("bsgenome") 验证'bsgenome'包是否能够正常使用: 安装或更新完所有必要的包后,你可以尝...
1. BSgenome packages 2. AnnotationHub 2.1 查询AnnotationHub 2.2 AnnotationHub Data providers, Data classes, Species, Data sources 2.3 AnnotationHub query 2.4 AnnotationHub exercises 2.5 AnnotationHub使用的报错解决 1. BSgenome packages BSgenome包包含了给定物种/基因组版本的序列信息。我们可以通过使用 available....
如此根据染色体序号循环即可得到保存整个基因组的CpG位点的RData。BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 包是基于IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges， Biostrings，XVector这些包所所构建的。Biostrings 是 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 的一个基础包，其中的 matchPattern() 函数用于根据设定的 pattern 寻找目标 ...
> I checked for the availability of hg38 as BSgenome but I did not find it in > Bioc repository, as instead there is TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene. I > would like to know if it is planned the release of hg38 as BSgenome, maybe ...
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38是生信技能树TCGA课程中讲到的需要使用的一个R包，所以我装了一个，发现这个包十分不好安装，现记录过程如下，方便后续使用。再次安装失败 安装成功！
when I load the saved project and then use the addMotifAnnotations function, it shows this error : Error in eval(parse(text = genome)): object 'BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10' not found Traceback: addMotifAnnotations(ArchRProj = proj, moti...