但是这不用担心,因为在育种领域中,已经有许多成熟的性状基因定位方法,例如常见的分子标记与表型的关联性分析、QTL、BSA、GWAS等等,文章中用到的就是BSA的分析原理,并通过高通量测序技术以及分别在DNA和RNA水平上进行结合,形成了BSA-Seq和BSR-Seq分析技术。
图4 籽粒透明表型相关基因的BSR-seq定位与功能分子标记开发 3.利用BSA-seq技术鉴定超高油玉米籽粒含油量相关QTL位点 KASP基因分型和PCR测序结果显示,HuajianF和Huada165均携带su1和sh2-R突变。利用HuajianF和Huada165构建了903个F2分离群体,分别从46株籽油含量极高(30.03% ~ 38.42%)的F2植株和46株籽油含量极低(1...
研究以“紫娟”和“金萱”的杂交后代为对象，利用BSA-Seq、BSR-Seq和RNA-Seq技术探究茶树“紫化”关键位点，对花青素生物合成具有重要参考价值。研究指出富含花青素的“紫茶”具有更多保健作用，是当前关注热点。通过在“紫娟”和“金萱”的杂交F1代中，选择30个个体进行分析，发现紫叶个体与绿叶个体间存在4...
Additionally, the combination of BSA-Seq and BSR-Seq showed that there were 113 overlapping candidate genes between the two methods, among which 8 common candidates have been previously reported to be related to the development of chloroplasts, the photomorphogenesis and chlorophyll formation of plant...
Gene mapping via bulked segregant RNA-seq (BSR-seq)(PloS ONE) 对于BSA分析来说,关注的突变位点更多地位于基因的编码区域,而且部分物种基因间区域包含大量重复序列,对测序和分析造成干扰。在这种情形下,使用RNA测序来进行BSR分析,不失为一个更好的选择。
根据技术的不同,BSA-seq可分为基于重测序的BSA;基于转录组的BSA(BSR);基于简化基因组测序的BSA(GBS-BSA) BSA-seq原理 BSA-seq方案设计 1. 群体选择 常见的分离群体包括F2代群体、回交群体(BC)、重组自交系(RIL)、双单倍体(DH)等均可以被用来进行BSA性状定位。
聚焦于BSR-seq分析，此技术基于两个极端混池的转录组测序数据，通过ED方法进行统计计算。在数据处理的前期阶段，首先进行比对和排序。接着，使用bcftools工具进行变异检测，确保数据质量。变异检测后，通过ED方法进行统计计算，并绘制出相应的图表，以直观呈现分析结果。团队成员可通过加入学习交流群，共同探讨...
BSA分析是针对分离群体极端个体混池进行深度重测序，定位候选区间，适用于参考基因组中等或较小的物种。BSR是将BSA与RNA-seq结合起来的分析方法，它对分离群体极端性状的个体分别提取两个池的总RNA，进行RNA-seq。这种方法适用于基因组较大的物种，例如麦类物种。派森诺BSA具有六大分析方法，适用于不同的...
BSR是将BSA与RNA-seq结合起来的分析方法,与重测序BSA不同的是,在分离群体中选择极端性状的个体构建两个池,提取两个池的总RNA,进行转录组测序,根据混池个数和物种的基因组大小确定测序的数据量。基于转录组数据同样开发SNP标记,用经典贝叶斯算法找到与突变基因共分离的SNP位点和区间,最后预测候选基因(Liu et al.,...
BSR是将BSA与RNA-seq结合起来的分析方法,是对分离群体极端性状的个体,分别提取两个池的总RNA,进行RNA-seq。由于基因只占基因组的1-3%,BSR更适用于基因组较大的物种,比如麦类物种。 (三)派森诺BSA优势-有六种分析方法适用不同群体方案 BSA诞生至今,其关联算法也逐渐演变和分化。根据不同的遗传群体材料和遗传设计...