随着新一代测序(NGS)技术的日益成熟及其成本的显著下降,BSA与NGS的结合(即BSA-seq)已成为基因定位的首选方法之一。从专门针对EMS诱变的MutMap方法,到适用于不同群体(如F1、F2、RIL等)的多种分析技术(如QTL-seq、ED、G’等),BSA-seq在基因定位中的应用日益广泛和深入。 如果你研究的物种有一个较好的参考基因组...
在这种情况下,当使用F1代群体中两个表皮颜色差异的混池进行BSA-seq分析时,由单倍型h3和h4引入的噪音会大大降低QTL定位信号的敏感性、准确性和显著性。因此,OcBSA的主要策略是从两个混池中去除h3和h4,创建两个新的混池,即OcPool 1和OcPool 2,这两个新池中仅包含h1和h2。这些新生成的虚拟池OcPool 1和OcPoo...
那什么又是BSR-Seq技术？其实它和BSA-Seq的分析一样，但它是对RNA进行测序，即利用RNA-Seq的结果结合...
BSA-Seq是一种结合集群分离分析法与高通量测序技术的分析方法，旨在快速定位与特定性状相关的基因或QTL。BSA-Seq分析主要步骤包括群体构建、表型鉴定、DNA样本提取与混池构建、高通量测序和生物信息学分析。以该研究为例，通过高通量测序寻找变异位点与表型数据关联，发现茶树中CsANS和CsMYB75存在大量SNP和IN...
BSA-seq技术的流程包括样品准备、DNA提取、DNA浓缩、建库、高通量测序等步骤。其中样品准备和建库过程中的过滤操作对于后续的测序结果有着重要的影响。 二、BSA-seq样品过滤的目的 BSA-seq样品过滤的目的是去除样品中的非特异性引物和杂交DNA的干扰,从而提高测序结果的可靠性和准确性。在BSA-seq技术中,非特异性引物...
前言BSA-seq分析,在遗传学研究中是非常重要的。对于我自己而言是比较陌生的,自己也没有分析,着也是自己学习的一个过程。 OK,我也不知道童鞋们是否都学习了上面的教程。 我自己而言,看一遍是不够的,都是反反…
BSA-seq分析方案：第一步：将v1突变体与野生型杂交构建BC1子代，根据突变体和野生型表型进行分离。第二~五步：将突变体亲本T582株与28株突变体子代进行测序和BSA分析，定位在chr20:0.7~3.9cM内。实验室图位克隆验证：第六步：将T582与TM-1杂交产生F1代，F1自交得到2164个F2子代，其中483个极端基于274个多态性...
本研究结合BSA分析和SSR标记,在水稻品种IR77298-14-1-2::IRGC117374-1中鉴定出一个新的与RFS抗性相关的QTL(qRFS12.01),并在qRFS12.01区域预测到5个含NB-…
根据亲本间纯和差异的位点, 在子代池中挑选差异较大的位点进行性状定位。 BSA原理图: BSA家系构建:家系群体的构建方法有很多种,其中F2、BC、RIL为常见的可做BSA的群体,常规F1代由于无性状分离,不可用于BSA性状定位。 常见家系 BSA的分析方法: 1.QTL-seq 适用于自然变异下的材料,定位主效QTL位点。 QTL-seq...
近年来,随着 NGS 技术的发展, SNP 标记的开发及测序成本 的不断降低, BSA-seq 成为 QTL 定位、功能基 因挖掘的强有力工具。 目前基于全基因组重测序 的 BSA 方法广泛应用于拟南芥、水稻、玉米、 大豆、番茄、黄瓜等物种。成功定位出黄瓜果实 长度功能基因, 木豆抗枯萎病和抗不育花叶病功 能基因、水稻耐盐...