-k 默认设置下, bowtie2搜索出了一个read不同的比对结果, 并报告其中最好的比对结果(如果好几个最好的比对结果得分一致, 则随机挑选出其中一个),该模式下, bowtie2最多搜索出一个read个比对结果, 并将这些结果按得分降序报告出来 -a 和-k参数一样, 不过不限制搜索的结果数目. 并将所有的比对结果都按降序...
aligner_opts ：bowtie2的参数 同样地，配置文件的这种方式，是可以使得封装的工具版本的变动和参数的调...
必须参数: -x由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先在当前目录搜寻,然后在环境变 量BOWTIE2_INDEXES中制定的文件夹中搜寻。-1双末端测寻对应的文件1。可以为多个文 件,并用逗号分开;多个文件必须和-2中制定的文件一一对应。比如:"-1flyA_1.fq,flyB_1.fq- ...
3,如果你的报告文件中每条短序列都有太多的匹配位点(超过10)那么你可以试着重新使用bowtie-build加上 –offrate参数,如bowtie-build –offrate 4。-o/–offrate默认值为5,每下降1,比对速度会增加1倍,但是系统消耗(硬盘空间和内存)也会加倍。如果你的系统 配置太低,比如内存不足4GB,那么建议你在bowtie的时候...
参数: -N <int> 进行种子比对时允许的mismatch数. 可以设为0或者1. Default: 0. -L <int> 设定种子的长度. *** 功能选项 给bowtie的一些参数设定值的时候,使用一个计算公式代替,于是值的大小与比对序列的长 度成一定关系。<func>有三部分组成: (a)计算方法, 包括常数(C),线性(L),平方根(S)和 自...
参数说明: -p 参数用于指定使用的线程数。 -x 参数用于指定参考基因组的索引文件前缀 --un-conc-gz 参数用于指定输出未成功比对到参考基因组的配对reads文件,以压缩格式保存。 -1 双末端测寻对应的Read1。可以为多个文件,并用逗号分开;多个文件必须和 -2 ...
(首先推荐public Library of Bioinformatics的《SAM格式》和《Bowtie2使用方法与参数详细介绍》两篇文章,有不足处希望大家提出) 1,简介: 文件后缀名:.sam Bowtie2是现下最流行的短序列比对软件,SAM(Sequence Alignment/Map)格式是一种通用的比对格式,用来存储reads到参考序列的比对信息。 2,行、列、注释说明: 注...
必须参数: -x<bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目录搜寻,然后在环境变量BOWTIE2_INDEXES中制定的文件夹中搜寻。 -1<m1>双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件,并用逗号分开;多个文件必须和-2<m2>中制定的文件一一对应。比如:"-1flyA_1.fq,flyB_1.fq -2 flyA_2.fq,fly...
2.4其他参数的说明: -U 后面接的是unpaired reads -S 输出文件,默认的是stdout,在终端显示,也可以搞个文件来装输出的结果 输入文件选项 -q Reads 为FASTQ格式(`.fq` or `.fastq`.),此为默认的格式 --qseq Reads 为QSEQ文件(end in `_qseq.txt`). ...