12 = Seqalign (JSON), 13 = Multiple-file BLAST JSON, 14 = Multiple-file BLAST XML2, 15 = Single-file BLAST JSON, 16 = Single-file BLAST XML2, 17 = Sequence Alignment/Map (SAM), 18 = Organism Report 4.2 其中最为常用分别为-outfmt 5(blast2go工具中用到)和outfmt6,outfmt6结果中从左...
第一步应该建立索引,这没讲清楚。 1. makeblastdb建立索引 2.比对 上面是blastn中的基本参数还有一些可选参数。 在平时使用时,设置常用的基本参数,基本就可以得到比对结果。 blast中有些参数是控制输出时展示比对结果数量的命令,这些是十分重要的,比如只匹配最佳比对序列,或者展示得分最高的几个序列,这些在本地化...
右键点击“我的电脑”-属性,然后“高级系统设置”选项-“环境变量”,在用户变量下方点击“新建”-变量名:BLASTDB,变量值:D:\blast-2.7.1\db(即电脑上安装好后新建的db文件夹的路径)。在系统变量下方“Path”添加变量值:D:\blast-2.7.1\bin(即电脑上bin文件夹位置)。环境配置完成。 三、本地Blast。可以构建...
BLAST在Windows系统中本地化 简介 NCBI除了提供在线的Web BLAST序列比对服务外,还提供FTP方式下载序列比对工具。这允许在本地平台上针对从NCBI下载或本地创建的数据库执行BLAST搜索。这些实用程序没有图形用户界面,通过类似DOS的命令窗口运行,并通过基于文本的命令行开关接受输入。 以下内容介绍了在运行Windows 7操作系统...
打开DOC窗口(点击开始,选择运行,打开的输入框中输入“CMD”,确定),访问Blast本地化程序所在文件夹,依次输入:(1)X:回车;(2)cdblast\bin,回车。 6.数据初始化。下载得到的数据库为fasta格式,需要经过格式转化才能建立本地数据库。上接第5(2)步,回车后,输入格式化数据库命令:(右键可粘贴)makeblastdb.exe–in ...
blastdbcmd可以从构建好的库里提取序列 构建NR库可以有两种方式,一种是上述下载链接直接下载构建,另一种可以从ftp下载已经构建好的NR库 #方法 1) 使用上面下载nr库解压后makeblastdb构建数据库 #方法 2) wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nr.* ...
大家一般都做过基于网络的BLAST ,但网络BLAST一般只能搜索一个序列,要搜索多个序列,特别是做大量的数据比较时,网络BLAST几乎是不可能的,这个时候我们就可以考虑做本地BLAST了。 使用本地BLAST的原因 特殊的数据库要求 涉及序列的隐私与价值 批量处理 与其它本地程序配合使用 其他原因?? 本地BLAST构建步骤 下载BLAST的...
blast本地化详解 第十章生物信息学分析方法
本地Blast是一种基于本地比对搜索工具，允许在自建数据库上进行搜索，相较于NCBI的在线服务，它具有速度快、搜索范围小的特点，尤其在没有互联网的情况下仍然能够进行搜索。例如，已知双生病毒中某个基因的功能，若想在禾谷镰刀菌中寻找序列相似的基因，可以通过在本地建立禾谷镰刀菌的数据库，然后使用本...
blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便,blast+是将blast模块化,分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库(blastx)、蛋白质比对翻译后的核酸数据库(tblastn)、 翻译后的核酸序列比对翻译后的核酸数据库(tblastx) ...