上面是blastn中的基本参数还有一些可选参数。 在平时使用时,设置常用的基本参数,基本就可以得到比对结果。 blast中有些参数是控制输出时展示比对结果数量的命令,这些是十分重要的,比如只匹配最佳比对序列,或者展示得分最高的几个序列,这些在本地化的blast中该如何设置? 1)-num_alignments 2)-max_target_seqs 3)-...
- num_alignments参数用于限制输出结果的数量。默认值为250,可以根据需要进行调整。 除了这些基本参数外,blastp还有一些其他可调整的参数,如gap_open、gap_extend、matrix、culling_limit等,用于优化比对结果。 运行完成后,blastp将输出比对结果到指定文件中。结果文件中包含了查询序列与目标数据库中相似的蛋白质序列的详...