一、参数1:query query是blastp中的一个重要参数,用于指定要比对的蛋白质序列。用户可以将蛋白质序列直接输入到query参数中,也可以将包含蛋白质序列的文件路径作为query参数的值。 二、参数2:db db参数用于指定已知蛋白质序列数据库的路径,blastp将在该数据库中搜索与query序列相似的序列。用户需要提前下载或构建好蛋...
blastp的参数包括查询序列、数据库、比对算法、阈值等。下面将逐一介绍这些参数及其功能。 1. 查询序列:blastp的第一个参数是要比对的查询序列,可以是一条蛋白质序列,也可以是一个蛋白质序列文件。查询序列可以通过命令行输入,也可以通过文件导入。 2. 数据库:blastp的第二个参数是要比对的数据库,可以是本地数据...
第一步应该建立索引,这没讲清楚。 1. makeblastdb建立索引 2.比对 上面是blastn中的基本参数还有一些可选参数。 在平时使用时,设置常用的基本参数,基本就可以得到比对结果。 blast中有些参数是控制输出时展示比对结果数量的命令,这些是十分重要的,比如只匹配最佳比对序列,或者展示得分最高的几个序列,这些在本地化...
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Makeblastdb参数详解 REQUIREDARGUMENTS -dbtypeMoleculetypeoftargetdb OPTIONALARGUMENTS -hPrintUSAGEandDESCRIPTION;ignoreallotherparameters -helpPrintUSAGE,DESCRIPTIONandARGUMENTS;ignoreallotherparameters -versionPrintversionnumber;ignoreotherarguments Inputoptions ...
一般我们是有一个fasta文件用来格式化数据库,以前的命令是formatdb,现在是makeblastdb 一般用到的格式如下: makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -title database_title -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name 注意:BLAST+2.2.24中这个参数不要加 -parse_seqids,不然成死循环 ...