4. 指定参数:除了输入文件和数据库外,还可以指定一些参数来调整BLASTN的比对行为。例如,可以使用-evalue参数设置期望值阈值,使用-outfmt参数指定输出格式,使用-word_size参数修改匹配字长等。 5. 分析BLASTN结果:运行blastn命令后,会生成一个结果文件。该文件包含了比对结果的详细信息,如匹配的序列、相似性得分等。可...
blastn 多加上-taskblastn-short-word_size 7 -evalue 1 -task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越可靠 Tasks REF http://barcwiki.wi.mit.edu/wiki/blastTips https://web.cas.org/help/BLAST/...
用blast blastn进行短序列的搜索(比对) blastn-short -task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越可靠 Tasks REF http://barcwiki.wi.mit.edu/wiki/blastTips https://web.cas.org/help/BLAST/topics/...
可以通过设置-word_size参数来选择算法,其中默认算法是基于Seed的算法。 2. 比对模式选择 blastn有两种比对模式:默认模式和感性比对模式。默认模式用于高度相似的序列比对,例如用于基因注释和序列同源性检查。感性比对模式适用于低相似度的序列比对,例如用于物种分类和基因家族分析。可以通过设置-dust参数来选择模式。 3....
代码: b#-query 查询文件;-db 索引库;-task 比对模式;-word_size 字长,是指用作比对起始种子的序列长度,将查询序列分割成一系列特定长度的小的序列段(字段)或(搜索窗口);-outfmt 输出模式。 lastn -que…
[-out output_file] [-evalue evalue] [-word_size int_value] [-gapopen open_penalty] [-gapextend extend_penalty] [-perc_identity float_value] [-xdrop_ungap float_value] [-xdrop_gap float_value] [-xdrop_gap_final float_value] ...
2. -word_size:设置比对过程中使用的核酸片段大小。较大的片段可以增加比对的敏感性,但也会增加计算时间,默认值为11。 3. -gapopen和-gapextend:设置开放缝隙和扩展缝隙的惩罚分值。开放缝隙是指在比对过程中允许插入或删除核苷酸的位置,而扩展缝隙是指继续在已存在缝隙上插入或删除的位置。默认值为5和2。 在运...
1. 以input的reads为query,contigs(fa格式,包含在Clustering的输出文件中)为database. 2. blastn使用参数如下: -db 数据库文件名前缀 -query -out 输出文件名 -outfmt -num_threads -evalue -num_alignments -word_size -dust -gapopen -gapextend
ncbi的BLAST比我想象中的要强大,用普通blastn貌似不能将basepire数小于50的序列比对到基因组。像我,想将一些15bp的序列比对到基因组上做统计。其实BLAST+中有一些针对小于30bp序列比对(blast-short)的设定参数。 选项类型默认值功能 word_size integer 7 Length of initial exact match. gapopen integer 5 Cost ...
~/Biotools/blast+/ncbi-blast-2.11.0+/bin/blastn -db miRNA -query ../lncRNA_transcripts.fasta -out miRNA-lncRNA.txt -evalue 0.001 -outfmt 6 -word_size 7 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2...