下面就以blast进行对比分析的实际应用情况,介绍一下对比分析的流程。 一、准备工作阶段。 在进行blast对比分析之前,需要进行一系列准备工作。 1.确定分析对象:首先,需要确定要进行对比分析的分析对象,如DNA序列、蛋白质序列等。 2.确定比对数据库:根据分析对象的特点和研究目的,选择合适的比对数据库,如NCBI的nr数据库...
一个要注意的是BLAST的输出结果需要时XML格式的。应该实现了统计homopolymer 区域出错率的目标……至于GC...
你根本不应该用blast处理raw read，它完全没有关于碱基质量的考虑。Nanopore和Pacbio都是新的测序平台，...
首先，你没有说是16S rDNA的什么区域。姑且认为是全长吧。不同分类群的种间相似度阈值是不一样的。...
首先，你没有说是16S rDNA的什么区域。姑且认为是全长吧。不同分类群的种间相似度阈值是不一样的。
你根本不应该用blast处理raw read，它完全没有关于碱基质量的考虑。Nanopore和Pacbio都是新的测序平台，...