Workflow选项(Bioconductor - BiocViews)展示了可以用来说明某种分析工作流的Bioconductor包。例如:SingleCellWorkflow,演示如何使用Bioconductor包进行单细胞RNA-seq数据分析,被封装在了simpleSingleCell这个包中2.5.3 Bioconductor forum Bioconductor support site是一个问答平台,用户和包开发者都在其中积极贡献内容。网站上有...
2、一般最常用的是基因表达,基因表达其实包括芯片和RNAseq,其实Bioconductor最早就是用来分析芯片数据的,因为R擅长处理矩阵,而芯片数据恰好就是“矩阵”。 3、我们以Gene Expression中第一个workflow为例,这个是利用Deseq2包来分析RNAseq数据的例子,点开之后其实是一遍文献,这是这种workflow另一个显著的特点,它本身是...
RNA-Seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression Changing genomic coordinate systems with rtracklayer::liftOver Mass spectrometry and proteomics data analysis 这些流程基本上涉及到了现在生物信息学的主流方向,所以基本上掌握了这些包,就是一个合格的生物信息学人才啦! 更重要的是它有...
第一种方法是把最初广泛应用于普通转录组测序的R包(如edgeR,DESeq2和limma-voom)等通过各种方法(例如通过创建伪普通转录组图谱)改造后应用于scRNA-seq分析。或者,诸如zinbwave之类的方法在离散度估计和模型拟合步骤中减轻在scRNA-seq数据中大量零的权重,然后再进行差异分析,也可以促进普通转录组差异基因分析方法应用...
RNA-Seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression Changing genomic coordinate systems with rtracklayer::liftOver Mass spectrometry and proteomics data analysis 这些流程基本上涉及到了现在生物信息学的主流方向,所以基本上掌握了这些包,就是一个合格的生物信息学人才啦!
两者之间主要的一点不同mRNA逆转录成cDNA,smart用的是全长,而10x只通过3-tag的方法。而选取哪一种主要看你的目的:主要是做isoform or gene fusion,选全长;如果更关注转录组异质性,选10x(因为会有更多细胞)图片来源自文章Single-Cell RNA-Seq Technologies and Related Computational Data Analysis ...
Join us in learning about the RNA-Seq workflow and discovering how to identify which genes and biological processes may be important for your condition of interest! We will start the course with a brief overview of the RNA-Seq workflow with an emphasis on differential expression (DE) analysis....
workflow是Bioconductor的一个很实用的功能,它帮我们规划好了比较经典的分析流程,减轻了我们思考的负担。让我们随便点击其中一个,如RNAseq123,打开是这样的: 然后自己找找vignette部分,看看具体信息,你会发现一片新大陆。原来你苦苦寻找的教程,竟然在这里也能发现,而且还是官方的!!! image...
A step-by-step workflow for low-level analysis of single-cell RNA-seq data with Bioconductor. F1000Res., 5:2122, 2016.Lun AT, McCarthy DJ, Marioni JC. 2016b. A step-by-step workflow for low- level analysis of single-cell RNA-seq data with Bioconductor. F1000Res 5: 2122....
Bioconductor上现在汇总了常见的一些数据分析的Workflow,涵盖了基因组、转录组、蛋白组等分析流程;也囊括了像当下流行的单细胞转录组、免疫相关分析流程等,大大的简化了基础数据分析难度,同时也适合新手学习以达到理解。下面根据Bioconductor官方提供的信息整理分享给大家:...