1import Bio2filename ="test.fasta"3seqs = Bio.SeqIO.parse(filename,"fasta")4# 第一次迭代,会正常输出seq id5forseqinseqs:6print(seq.id) 7# 第二次迭代,就不会有输出了,因为seqs已经迭代到了末尾8forseqinseqs:9print(seq.seq) 解决方法为,在读取序列数据时,将seqs转为列表: 1import Bio2fil...
fq2_in =SeqIO.parse(fq2, quality_format)withopen(fq1_out,'w')asfq1_out_handle, open(fq2_out,'w')asfq2_out_handle, open(fq1_single,'w')asfq1_single_handle, open(fq2_single,'w')asfq2_single_handle:forfq1_record, fq2_recordinizip(fq1_in, fq2_in):iflen(fq1_record.seq)...
biopython Bio.SeqIO.parse()解析文件 介绍 函数Bio.SeqIO.parse()用于读取序列数据作为SeqRecord对象,实际上是返回一个SeqRecord对象的迭代器。这个函数需要两个参数,1)第一个参数是读取数据的句柄或文件名;2)第二个参数是一个小写字符串,指定序列格式,支持的格式list见http://biopython.org/wiki/SeqIO 代码示例...
序列输入和输出,Bi..解析/读取序列:Bio.SeqIO.parse()用于读取序列文件生成 SeqRecord 对象,包含两个参数:第一个参数是一个文件名或者一个句柄( handle )。第二个参数是一个小写字母字符串,
Python Bio.SeqIO模块代码示例 Bio.SeqIO共有5个方法/函数/属性,点击链接查看相应的源代码示例。 1.Bio.SeqIO.parse(),116个项目使用 2.Bio.SeqIO.write(),56个项目使用 3.Bio.SeqIO.to_dict(),22个项目使用 4.Bio.SeqIO.read(),17个项目使用...
选择Bio.SeqIO.to_dict() 而不选择 Bio.SeqIO.index() 或 Bio.SeqIO.index_db() 的原因主要是它的灵活性,尽管会占用更多内存。存储 SeqRecord 对象到内存的优势在于可以随意被改变,添加或者删除。除了高内存消耗这个缺点外,建立索引也可能花费更长的时间,因为所有的条目都需要被完全解析。Bio.SeqIO.index()...
in <module> File "/home/username/PycharmProjects/venvs/vibr_annotate/lib64/python3.10/site-packages/Bio/SeqIO/Interfaces.py", line 72, in __next__ return next(self.records) File "/home/username/PycharmProjects/venvs/vibr_annotate/lib64/python3.10/site-packages/Bio/GenBank/Scanner.py", ...
used Bio.SeqIO to parse fasta file ### Computing GC Content###fromBioimportSeqIOwithopen("rosalind_gc.txt","r")asfile:# a FastaIteratorfasta=SeqIO.parse(file,"fasta")# a List, records.id, records.seqrecords=list(fasta)gcList=[]# loop over every recordforrecordinrecords:sum=0#...
下面我们利用Bio::SeqIO来快速解析fasta文件格式,示例如下: #!/usr/bin/perl -w use warnings; use strict; use autodie; # 载入关键包,安装:`cpan Bio::SeqIO` use Bio::SeqIO; # 载入demo序列信息 # 文件状态 #'file' # 打开只读文件 #'>file' # 写入文件 ...
I have also force installed Bio.SeqIO using pip but unfortunately it seems it does not work. When I try to run the bash script I get the following message: Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /anaconda2/envs/automl...