可以使用bgzip -d命令来解压缩文件。 也可以使用通用的gzip解压工具如gunzip来解压缩bgzip压缩的文件,因为bgzip遵循gzip的压缩格式。 例如,使用gunzip解压缩: bash gunzip view.vcf.gz 这样也会生成原始的view.vcf文件。 总之,bgzip是一个专为基因组数据设计的压缩工具,它提供了高效的压缩率和随机访问能力,非常...
bgzip AF086833.fa ``` 上述代码中,首先通过`efetch`命令下载了一个名为`AF086833.fa`的测序文件,然后使用`bgzip`命令对该文件进行压缩,生成了一个名为`AF086833.fa.bgz`的压缩文件。 更多关于BGZIP的用法和参数说明,可以参考官方文档或相关教程。©...
gzip命令可以通过命令行来使用,例如:gzip file.txt,这个命令会将file.txt文件压缩成一个file.txt.gz文件。 除了gzip之外,bgzip也是一个常用的文件压缩工具。它是gzip的变种,通过利用block-based compression技术,bgzip能够更加高效地压缩数据。bgzip生成的压缩文件同样以.gz为后缀,但是在文件内容方面,bgzip更加适合对...
基于染色体与起始位置信息对文件内容进行排序 使用bgzip工具对文件进行压缩 使用tabix工具对文件建立索引 该方法的原理是利用bgzip可以按模块对文件进行压缩与解压的特点,可以在不解压整个文件的情况下读取特定模块的内容。 使用bgzip对文件进行压缩 以Mus_musculus.GRCm38.75.gtf.gz文件(下载)为例,排序之前需注意文件开...
bgzip Star Here are 7 public repositories matching this topic... Language: All divonlan / genozip Star 161 Code Issues Pull requests A modern compressor for genomic files (FASTQ, SAM/BAM/CRAM, VCF, FASTA, GFF/GTF/GVF, 23andMe...), up to 5x better than gzip and faster...
解压缩 bgzip -d view.vcf.gz 或者 gunzip view.vcf.gz 建索引(tbi格式结尾的索引文件) tabix -p vcf view.vcf.gz ## 获取位于11号染色体的SNP位点 tabix view.vcf.gz 11 ## 获取位于11号染色体上突变位置大于或者等于2343545的SNP位点 tabix view.vcf.gz 11:2343545 ...
这个服务器上没有bgzip这个命令,我使用conda进行安装 conda install tabix 这个安装的是 0.2.6版本 解压 bgzip -d pacbio.sequel.fastq.gz 遇到报错 Error: 2 然后我卸载,重新安装0.2.5试一下 conda uninstall tabix conda install tabix=0.2.5 再次解压遇到报错 Error: invalid block header 以上报错不...
bgzip遇到的报错及解决办法 这个服务器上没有bgzip这个命令,我使用conda进行安装 conda install tabix AI代码助手复制代码 这个安装的是 0.2.6版本 解压fastq文件时 bgzip -d pacbio.sequel.fastq.gz AI代码助手复制代码 遇到报错 Error:2 AI代码助手复制代码 ...
bgzip will compress (or decompress if the -d option is used) standard input to standard output. If a file is specified, it will be compressed (or decompressed with -d). If the -c option is used, the result will be written to standard output, otherwise when compressing bgzip will write...
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