当我使用ucsc的get2bed工具(gtfToGenePred + genePredToBed)转换gtf文件为bed12文件时,碰到如下错误 ./gtf2bed12.sh -f buffalo.gtf invalid gffGroup detected on line: NC_006295.1 RefSeq exon3774450.000000 + . gene_id"";transcript_id"unknown_transcript_1";GFF/GTF group unknown_transcript_1 on NC_...
bed12表示包含12列的bed文件，包含的信息最完整。bed文件官方网页: https://m.ensembl.org/info/website/upload/bed.html 前三列：这个例子也只给了前9列的信息 先使用convert2bed把gtf转化为bed6文件。再使用别人开发的工具把bed6文件转化为bed12文件。或者使用gtf2bed 链接：https://gffutils.re...
先使用convert2bed把gtf转化为bed6文件。再使用别人开发的工具把bed6文件转化为bed12文件。 或者使用gtf2bed 链接: https://gffutils.readthedocs.io/en/latest/gtf2bed.html 参考: https://www.jianshu.com/p/847801e8bf92 这篇文章作者写了一个python脚本可以把bed6转化为bed12。 本来我是想使用bedtools 把...
x86_64/gtfToGenePred wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/genePredToBed chmod u+x gtfToGenePred genePredToBed gtfToGenePred genes.gtf genes.genePred genePredToBed genes.genePred genes.bed 最后编辑于 :2024.10.19 10:39:26 ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系...
今天在使用RseQC时需要将参考基因组GTF文件转换为bed12文件,下面是记录下来的方法: 用到的工具 UCSC的gtfToGenePred和genePredToBed工具,下载安装: wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/gtfToGenePred wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/genePredTo...