docker pull bdgenomics/rhapsody:2.2.1 2.下载配套CWL流程与YML配置文件 https://bitbucket.org/CRSwDev/cwl/src/master/v2.2.1/ 3.下载全新的WTA及ATAC-seq联合Reference文件: Human: https://bd-rhapsody-public.s3.amazonaws.com/Rhapsody-WTA-ATAC/Pipeline-version2.x_WTA_ATAC_references/RhapRef_Human...
PHE）后血肿周围脑水肿（intracerebral hemorrhage，ICH）形成的免疫机制实验过程中，研究者使用BD Rhapsody捕获单细胞，并通过BD Rhapsody WTA Amplification Kit构建单细胞RNA-seq文库，采用BD Rhapsody数据分析流程处理测序数据，并利用BD Data View对单细胞转录组谱进行分析，绘制了血液对照组（sham blood）...
BD Rhapsody平台：BD Rhapsody单细胞全转录组分析（WTA Reagent Kit, #633801, BD Biosciences）BD Rhapsody多样本标签（Human SMK，#633781，BD Biosciences）BD Rhapsody Data Analysis Pipeline 研究背景 胆囊癌（GC）是一种比较罕见的恶性肿瘤，但是一般预后较差。此前已经确定了可能导致胆囊癌的热点基因，但只占...
BD Rhapsody单细胞WTA全转录组试剂盒(WTA Reagent Kit)BD Rhapsody单细胞TTA靶向转录组试剂盒(462 targeted genes)BD Rhapsody AbSeq膜表面蛋白定量产品(97 AbSeq panel、197 AbSeq panel)BD Rhapsody Analysis Pipeline 2、BD FACS流式细胞仪:FACS Aria Fusion II cell sorter、FACS Aria Fusion cell sorter、BD ...
BD Rhapsody单细胞全转录组分析(WTA Reagent Kit, #633801, BD Biosciences) BD Rhapsody多样本标签(Human SMK,#633781,BD Biosciences) BD Rhapsody Data Analysis Pipeline ✦+ + 研究背景 胆囊癌(GC)是一种比较罕见的恶性肿瘤,但是一般预后较差。此前已经确定了可能导致胆囊癌的热点基因,但只占胆囊癌患者的...
由于与高通量实验方法相关的测序成本,单细胞实验往往非常昂贵。BD Rhapsody 单细胞分析系统设计有多个功能,可以更有效地利用测序来降低实验成本。 靶向测定 – 由于检测灵敏度的提高,特定的基因组合方法可使用少量的时间和成本,帮助产生类似于全转录组分析(Whole Transcriptome Analysis,WTA)测定的结果。这种方法还提高了 ...
再通过对BD Rhapsody磁珠进行二次采样,从约67%的捕获细胞中制备全转录组文库,然后进行后续的cDNA合成等操作,并利用BD Rhapsody analysis pipeline处理测序数据,确定细胞标记和分子指数。最后,使用BD Data View 对单细胞转录组谱进行分析,并将当前数据结果...
BD Rhapsody Data Analysis Pipeline 研究背景 胆囊癌(GC)是一种比较罕见的恶性肿瘤,但是一般预后较差。此前已经确定了可能导致胆囊癌的热点基因,但只占胆囊癌患者的小部分,对靶向治疗的预后有限,且肿瘤组织中的细胞异质性尚未被很好地确定,所以还需要探索更多潜在的治疗靶点。本研究中,作者首次通过单细胞RNA测序对不...
单细胞表达分析仪\系统 BD Rhapsody单细胞分析系统与传统的全转录组测序分析(WTA)相比,可以同时处理12个样本,极大程度节省了实验时间和成本。并且可以区分异质细胞,没有传统方法取单细胞混合样本平均值的劣势。除了需要上illumina系统进行测序之外,全转录组分析的细胞处理,RNA提取纯化和文库制备等步骤,RhapsodyTM 单细胞分...
BD Rhapsody 单细胞分析系统设计有多个功能,可以更有效地利用测序来降低实验成本。 靶向测定 - 由于检测灵敏度的提高,特定的基因组合方法可使用少量的时间和成本,帮助产生类似于全转录组分析(Whole Transcriptome Analysis,WTA)测定的结果。这种方法还提高了 UMI 计数效率,从而极大程度的节省了实验时间和成本。 储存- ...