自2018年3月BD Rhapsody单细胞捕获系统登录中国市场,我们与BD成立了单细胞研究联合实验室,并作为科研服务平台为来自不同科研领域的老师们提供了全面的高通量单细胞转录组测序服务。目前已BD Rhapsody完成的样品类型包括血液,动物组织,肿瘤组织等,累积了丰富的实验和生信分析经验。 BD(中国)-中科普瑞 单细胞研究联合实验...
Single-cell RNA sequencing unveils intestinal eosinophil development and specialization前言众所周知,粒细胞是非常脆弱的一群细胞,也是目前很多单细胞RNA测序平台很容易丢失的一类细胞。BD Rhapsody 单细胞RNA测序技术,基于微孔原理对单细胞进行分离捕获,没有额外的剪切力、试剂的刺激,对细胞更温和,能够高效 的捕获各种类...
而在捕获效率和有效性来看，BD Rhapsody的捕获效率更高较占优势，毕竟BD公司一直深耕于细胞研究。从技术原理上分析两种Single Cell测序技术，都是基于UMI（Unique Molecular Identifier）+ CL（Cell Label）的技术，与传统Smart-Seq + Fluidigm的C1技术比较起来，引入UMI技术进行表达定量，使得大规模scRNA-Seq的基因表达定...
02BD Rhapsody特有的DNA分子标签包含多达88万种细胞标签(CellLabel)及约750万种基因标签(Unique MolecularIndex),能在单细胞水平上,对每个细胞、每个基因同时进行精准标记,高效分离干细胞及神经祖细胞群 03相较于早期的低通量单细胞RNA测序方法,BDRhapsody具有更高的细胞通量和灵敏度,基于经典的微孔板(Microwell-based)...
利用BD Rhapsody单细胞平台解析了牦牛和普通牛肺部单细胞转录组，并展开了深入研究。通过基因组和转录组水平的联合分析，作者发现基因组中的SVs与转录组表达调控相关，其独特基因组和转录表达精准调控可能是牦牛高海拔适应的关键。最终，论文为理解动物高海拔适应和人类缺氧相关疾病的发生的遗传和分子机制提供了重要信息。...
单细胞RNA测序技术已经广泛应用于肿瘤微环境及肿瘤发展机制等相关研究。今天为大家分享一篇发表在CLINICAL AND TRANSLATIONAL MEDICINE（IF：11.49）上题为Diversity and intratumoral heterogeneity in human gallbladder cancer progression revealed by single-cell RNA sequencing的高分文章。技术亮点 BD Rhapsody平台：BD ...
后续，研究人员根据BD Rhapsody single-cell whole-transcriptome amplification workflow制备全转录组文库，并利用BD Rhapsody analysis pipeline处理分析数据。通过t分布随机邻域嵌入（tSNE）方法，从hCS或hSS中分离出的细胞聚类显示了两种条件下的分离状况。组装后的细胞经过电生理测试表明，GABA能和谷氨酸能神经元能够成功...
单细胞RNA测序技术（Single cell RNA sequencing，scRNA-seq）已被广泛应用于免疫学研究中，通过从单细胞水平解析免疫细胞亚群异质性，极大地促进了我们对免疫相关亚群的理解。调节性T细胞(Regulatory T cells, Treg)是控制免疫稳态不可或缺的细胞，具有治疗自身免疫的临床潜力。通过研究得知体外实验时，一些条件会使部分...
BD Rhapsody解析牦牛肺部转录组,助力探索高海拔适应性机制 Long read genome assemblies complemented by single cell RNA-sequencing reveal genetic and cellular mechanisms underlying the adaptive evolution of yak 牦牛是生活在世界平均海拔最高地区的、体型最大的反刍动物之一,其生理上可以适应缺氧和寒冷的环境,在青藏...
此前我们做了BD Rhapsody平台单细胞转录组定量流程,有些同学表示不知道如何读取cwl-runner输出的表达矩阵,这里我们来演示一下: 测试数据与教程的下载地址: 输出文件夹下会有一个以_Expression_Data.st结尾的文件,即为我们需要的表达矩阵。 # 读取数据: