2. Bcftools 提取每个位点的等位基因频率 # 提取每个位点的等位基因频率bcftools query -f'%CHROM %POS %AF\n'sample.vcf|head# chr1 69270 1# 如果AF注释不存在，但AN和AC存在，可计算频率bcftools query -f'%CHROM %POS %AN %AC{0}\n'sample.vcf|\awk'{
3. 提取VCF的等位基因和基因型信息 # 生成A/G的基因型 bcftools query -f '%CHROM %ID %POS %REF %ALT [ %TGT]\n' sample.vcf -o sample.extract.txt %CHROM 染色体列 %ID 变异位点名称 %POS 变异位点位置 %REF 参考等位基因 %ALT 变异等位基因 %TGT 字符格式如A/G的基因型;%GT为0/1格式的基因...
5、提取snp indel 位点 le final.snp.list | perl -lane '{$a+=1;print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$F[1]"}' | less >snp_site le final.indel.vcf |grep -v '^#' | less -S|perl -lane '{$a+=1;$b=$F[1]+length($F[3]);print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$b"}' | less ...
- **view**:格式转换、过滤和查看文件。 - **filter**:根据条件过滤变异位点。 - **merge**:合并多个文件的变异位点。 - **stats**:生成统计报告。 - **常用操作**: ```bash # 查看文件前10行(含头) bcftools view input.bcf | head -n 10 # 过滤QUAL≥30的变异 bcftools filter -i 'QUAL>=3...
-n 设定排序方式按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header)和序列从左往右的位点排序。 例子: $ samtools sort abc.bam abc.sort ###注意 abc.sort 是输出文件的前缀,实际输出是 abc.sort.bam $ samtools view abc.sort.bam | less -S ...
1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下: Chr1 11787600 11793521 Chr1 30028805 30042382 Chr1 54966087 54970283 Chr1 57228272 57231222 或者指定具体位点 Chr1 11787600 Chr1 30028805 Chr1 54966087 Chr1 57228272 2. 要处理的vcf文件(snp/indel)。注意bcftools处理的vcf文件要用gbzip压缩...
GWAS数据清洗 组合使用filter与annotate命令过滤低质量位点并添加功能注释 群体遗传分析 通过stats生成群体SNP频谱、Tajima's D等指标 临床变异筛选 利用query提取特定基因区域的致病突变六、常见问题文件格式兼容性 处理大文件时建议使用BCF格式(二进制),可节省50%存储空间 性能优化 启用多线程(--threads)可提升处理速度...
首先，bcftools能够展示VCF文件的头部信息，帮助你了解文件结构；其次，通过构建索引（-Oz和-o选项）并利用多线程（-threads）功能，可以高效压缩VCF文件为.gz格式。此外，它还能提取等位基因和基因型数据，以及进行变异位点的统计，例如总计突变数量和不同类型的突变数量。对于染色体名称，bcftools允许你进行...
（1）将vcf格式文件转化为plink(bed,bim,fam)格式 （2）将plink(bed,bim,fam)转为为vcf格式 （3）将map,ped文件转化为bed,bim,fam文件 （4）提取特定个体或特定位置信息 2. vcftools的使用 （1）将vcf文件转化为map,ped文件 （2）提取maf大于0.01的位点信息 3. bcftools的使用 （1）压缩vcf...
这种文件很难对同组不同样本进行差异SNP分析,此处就需要对文件进行合并。vcf文件的合并有很多的软件可以做,主要的就是GATK、vcftools和bcftools三种,但是具体的合并方法需要根据不同vcf文件中的信息来判断。 1. 样本相同、位点独立的vcf文...猜你喜欢关于vcf文件的读取 vcf文件是生物信息学对SNP和indel进行数据分析...