1 : 代表这个序列采用的是PE双端测序 2: 代表这个序列和参考序列完全匹配,没有插入缺失 4: 代表这个序列没有mapping到参考序列上 8: 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上,比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上 16:代表这个序列比对到参考序列的负链上 32 :代表这个序列对应的另...
1 : 代表这个序列采用的是PE双端测序 2: 代表这个序列和参考序列完全匹配,没有插入缺失 4: 代表这个序列没有mapping到参考序列上 8: 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上,比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上 16:代表这个序列比对到参考序列的负链上 32 :代表这个序列对应的另...
flag 1 : 代表这个序列采用的是PE双端测序 2: 代表这个序列和参考序列完全匹配,没有插入缺失 4: 代表这个序列没有mapping到参考序列上 8: 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上,比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上 16:代表这个序列比对到参考序列的负链上 32 ...
那其他数字的含义呢,他们只是简单数字组合而已,例如:1040是1024 + 16,Read比对到反义链且是一个PCR重复,简单的数字相加而已。也可以借助 flag解释链接 来解析上述数字的含义,如把1040输入到该网站会返回: “read reverse strand”和“read is PCR or optical duplicate”。不过,SAM说明文档中...
1.bam文件各列的意义 主体部分有11个主列和1个可选列 1.QNAME 比对的序列名称 例如:M04650:84:000000000-B837R:1:1101:22699:1759(一条测序reads的名称) 2.FLAG Bwise FLAG(表明比对类型:paring,strand,mate strand等) 例如:99 3.RENAME 比对上的参考序列名 例如:NC_000075.6 ...
第二列是FLAG, 事先定义了以下几种flag, 每个flag用一个数字表示,对应一种比对的情况 1代表这个序列采用的是PE双端测序 2代表这个序列和参考序列完全匹配,没有插入缺失 4代表这个序列没有mapping到参考序列上 ...
2 比对信息位(birwise FLAG),是一个由16bit整数(12个0和1的组合) 查询信息需要将其转换为一串由0和1组成的二进制码,它的数值范围是0~2048 flag对照表 使用python获取flag对应信息 import argparse """ 对比flag表格返回数据对应的结果 """ dic = { ...
使用samtools view -f/-F参数可以获取包含/不包含指定flag的内容的条目。 flag的64和128为在(Paired-end sequencing)双端测序中的read1和read2,而flag为16和32则代表双端测序中一条read反向互补,即代表比对到了负链上。 3 RNAME ,参考序列的名字(染色体,contig) 4 POS ,在参考序列上的位置(染色体/contig上...
利用samtools flagstat工具可以查看bam文件中比对的flag信息,并输出比对的统计结果。 samtools flagstat *.bam 1. flag一共有12个标签,使用16进制数表示,每个标签值是2^(n-1),其中n>=12(这个没看懂),每个值有其对应的唯一解释含义,具体见下图。 你会发现随机挑选几个值做加和运算,他们的结果都是唯一的,所以在...
每个BAM record由多个字段组成,如Flag、CIGAR(记录比对细节)、MAPQ(比对质量值)等。Flag是一个16位整数,表示read的比对状态和特征,CIGAR则是用字符和数字表示的比对详细信息。MAPQ反映了比对到参考序列位置的可靠程度。操作BAM文件,我们可以使用如pysam这样的工具包,它提供了处理BAM文件的便捷接口。