比如,我们想知道该read是否比对上了参考序列,那么只需要计算FLAG & 4 的值就行了,如果结果是1那么就是比对上了,如果是0则代表没有比上。 不过,在实际工作中,除非遇到特殊的情况,否则我一般更推荐调用官方的htslib这个包来协助处理,它是一个C语言库,如果你用Python,则是pysam——htslib的python包(Java则是htsjdk...
(2)第二列:FLAG 二进制标志位,表示读取序列的比对状态和其他信息。可使用第三方网站输入数值查询具体含义。 Fig.3 FLAG质量值含义 (3)第三列:RNAME 染色体名称。如果这列是“ * ”,可以认为这条read没有比对上的序列,则这一行的第四,五,八,九 列是“0”,第六,七列与该列是相同的表示方法。 (4)第四...
利用samtools flagstat工具可以查看bam文件中比对的flag信息,并输出比对的统计结果。 AI检测代码解析 samtools flagstat *.bam 1. flag一共有12个标签,使用16进制数表示,每个标签值是2^(n-1),其中n>=12(这个没看懂),每个值有其对应的唯一解释含义,具体见下图。 你会发现随机挑选几个值做加和运算,他们的结果都...
2. column2 第二列是FLAG, 事先定义了以下几种flag, 每个flag用一个数字表示,对应一种比对的情况 1代表这个序列采用的是PE双端测序 2代表这个序列和参考序列完全匹配,没有插入缺失 4代表这个序列没有mapping到参考序列上 8代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上,比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没...
多肽合成;3X Flag Peptide;MDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK;现货 楚肽 ￥1200.00 手机查看 上海楚肽生物科技有限公司 商品描述 价格说明 联系我们 手机查看 商品描述 价格说明 联系我们 产品等级 优级品 产品类型 多肽 有效成分含量 98% 保质期 1年个月 用途范围 科研服务 含量 98 氨基酸 规格 mg-g 外...
1## sam 文件依次对应的12列2r.qname: reads 名3r.flag :Flag4r.reference_name: 比对到的染色体5r.pos+1: 比对位置,必须得加一6r.mapq: 比对质量7r.cigarstring: CIGAR8r.next_reference_name:另外一条reads比对的参考基因组,若和第一条相同,则输出=9r.mpos+1: 比对的位置,必须得加110r.isize: 插...
FLAG值若记不住可以直接在< https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html >中进行查询。在SAM文件中出现的flag值是涉及到的value相加得到的值,比如99,177等,可以在上述网站查询 3.RNAME: 理解成比对上的染色体号即可 4.POS: 比对到参考序列上的位置 5.MAPQ: 比对质量值,算法与文中第一部分Ph...
samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具软件,能够对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等,结合sam格式中的flag、tag等信息,还可以完成比对结果的统计汇总,是处理sam和bam文件不可或缺的神器! 1.下载安装包 http 2020.10.12丨二代变异检测
#牛客在线求职答疑中心#Bam_card表为每日全量更新表,包含以下字段:cust_num(信用卡客户编号)、card_num(信用卡卡号)、card_type(卡片类型)、limit1(额度)、effi_flag(有效标志)、act_flag(活跃标志)备注一:客户名下有一张有效标志为“1”的卡,则此客户是有效客户备注二:客户名下有一张活跃标志为“1”的卡,...