1 awk 用途 报告生成工具,主要在处理文本方面特别强大,也是一个独立的程序语言,与grep sed 构成处理文本工具的三剑客。 同gawk 都是 GNU组织开发的开源工具 2 awk的工作原理,已每个记录进行每个域的分离,如 常常是以每一行作为一个记录,空白作为默认的与分隔符,然后以内置变量对每个域进行赋予变量! 3 语法结构 ...
awk 程序语句以分号分隔,而且我们会使用些略微不同的操作代码,以修改输出字段分隔字符: [root@local~]#echo ‘one two three four'| awk ‘{print $1,$2,$3}’ one two three [root@local~]#echo ‘one two three four'| awk ‘{OFS=”…”;print $1,$2,$3}’ one…two…three [root@local~...
awk'$1 > 10 && $2 < 20 { print $0 }'data.txt 1. 使用内置函数 awk提供了多种内置函数,如length()、toupper()、tolower()等。 awk'{ print toupper($0) }'input.txt 1. 模式匹配 使用正则表达式进行模式匹配: awk'/^Error/ { print FILENAME ":" FNR ": " $0 }'log.txt 1. 多文件处理...
可以看出用awk命令去重相当的简单,只一行命令就可以到达效果,去除了前三列相同的行,保留了重复行中第一条记录,如果想只保留剩下重复的行,只需对命令稍作修改,如下: cat test.bed|awk'a[$1,$2,$3]++' 得到结果如下: chrII 167925 168425 . YBL027W_id005 + chrII 332376 332876 . YBR048W_i...
用$1"/t"$2组成一维数组的key，这样可以用这种方式来处理很多复杂的二维数据逻辑 3、awk 的范围模板 范围模板匹配从第一个模板的第一次出现到第二个模板的第一次出现之间所有行。如果有一个模板没出现，则匹配到开头或末尾。如$ awk '/root/,/mysql/' test将显示root第一次出现到mysql第一次...
用awk比较多,以下几个是常用的稍微高级一点的用法 1、同时指定多个分割符 这时应该把分隔符写成放到方括号中,如$awk -F'[ :/t]' '{print $1,$3}' test 此时指定了空格,:号,tab三个作为分隔符 2、awk的key的变态用法 awk '{a[$1,"/t", $2] += $4} END {for (uin in a) printf("%s/t...
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13. 提取GTF文件外显子exon信息 # 提取gtf exon信息zcat Homo_sapiens.GRCh38.112.gtf.gz|grep exon|\cut -f1,4,5,9|cut -d";"-f1|\awk'{print $1, $2, $3, $5}'|\sed -e's/ /\t/g'|sed -e's/\"//g'> gtf.exon.bed