My issue is that the avg_log2FC values produced by FindMarkers are almost all <1 and seem inappropriately low compared to what is suggested by looking at the VlnPlots across the two conditions. Eg, gene x has an expression level of ~1.3 at the midpoint of the violin for Control, versu...
Hi Seurat dev team, Thanks for the amazing work you have been doing to enable the community to perform single-cell data analysis. I have noticed discrepancies in FindMarkers outputs regarding the average log2FC values in the different te...
按cluster分组展示marker基因的avg_log2FC差异倍数情况 jitMarkerplt<-function(df,score="avg_log2FC",group="cluster",symbol="gene"){library(dplyr);library(ggplot2);library(BuenColors)df[,group]<-factor(df[,group],levels=sort(names(table(df[,group])))# 重新排序因子,决定坐标轴出图顺序if(sum...
ordered_indices <- order(avg_logfc_vector, decreasing = TRUE) 注意,这里我们将decreasing = t替换为decreasing = TRUE,以确保参数是明确的逻辑值。虽然t在R中通常用作TRUE的缩写,但在代码中明确使用TRUE或FALSE可以提高代码的可读性。 检查结果: 检查ordered_indices是否按预期排序了avg_logfc_vector的索...
然而,事实上人眼对于质量越差的帧反而越敏感,所谓一锅老鼠屎坏了一锅粥,当观看视频时突然闪现一帧质量差的画面,人眼会对这一帧记忆更为深刻。相较于 PSNR avg.log,PSNR avg.MSE 就更加关照低质量帧,从这点上更符合主观感受。 SSIM(结构相似性) 一种全参考的图像质量评价指标,分别从亮度、对比度、结构三方面度...
可以删除，这是avg升级留下的临时文件和日志文件。如果不放心可以先放进回收站，然后运行avg看它是否报错，如果一切仍正常则可以放心请空回收站。
avg_logFC:两组之间平均表达的对数折叠通道。正值表示该特征在第一组中的表达更高。 pct.1:第一组中检测到该功能的像元百分比 pct.2:第二组中检测到该功能的单元格的百分比 p_val_adj:基于使用数据集中所有特征的bonferroni校正,调整后的p值。 如果ident.2省略该参数或将其设置为NULL,FindMarkers将测试由指定...
语法 avg(到期) 参数 Expr: 将用于聚集计算的表达式。 具有null值的记录将被忽略,并且不会包含在计算中。 退货 组中Expr的平均值。 示例 以下示例将调用系统的平均严重性值。 events | poject severity | summarize avg(severity) 结果 平均严重性 4.5
【招募】铭刻在手腕上..TRPG太冷了所以只好跑到这里招人界面和AVG/GAL差不多只是是用了视频的形式 单线无分支 trpg跑团改 coc 克苏鲁神话相关招募===程序君---会使用nvl或者krkr素材君-
Question 2: Why I am not able to replicate the calculated avg_log2FC using snippets from the source code? Looking at the code, avg_log2FC is calculated directly from "total.diff" as according to the code: "to.return[, "avg_logFC"] <- total.diff[rownames(x = to.return)]". ...