UMAP图 HVG gene 热图1 指定基因热图 (2) AverageExpression 函数的计算逻辑 data是 apply(count, 2, function(x){ log(x/sum(x)*1e4 +1) }) > counts=pbmc@assays$RNA@counts > data = pbmc@assays$RNA@data > t1=apply(counts, 2, function(x){ log(x/sum(x)*1e4 +1) }) > table( ab...
前段时间,一个单细胞分析同行提问,发现AverageExpression()和通过aggregate计算得到的基因表达均值,两者的结果是不一样的,疑惑问题出在哪里。 这个问题我们或多或少都有过疑问,自己手动计算基因在每个cluster的表达均值,绘制heatmap热图;跟AverageExpression()处理后绘制DoHeatmap会有差异。网上网友也提过类似的问题,也不知...