设置完成后点击Grid Options 菜单中:File→Close saving current 保存并关闭对话框。 点击File——Close saving current保存盒子信息,选择Grid——Output——Save GPF,保存为protein_ligand.gpf文件(注意Windows下要手动添加文件名后缀); 4.点击Docking——Macromo...
点击docking-macromolecule-set rigid filename选择pdbqt蛋白文件,点击docking-ligand-choose选择小分子点击接受。 点击docking-search parameters-genetic algorithm,弹出的窗口是对接参数,第一个选项对接次数建议设置50次以上,其他参数按照默认设置,然后点击Accept(图7)。 图7 设置对接参数 点击docking-docking parameters弹出...
1.首先Docking--Macromolecule--Set rigid filename 找到文件夹下面的protein.pdbqt文件--打开选定蛋白质分子 2.再点击Docking--ligand--open--找到文件夹下面的ligand.pdbqt--打开--accept(接受默认小分子参数) 3.记下来选择Docking算法--search parameters--local search parameters(这个比较快) {另外注明:genetic A...
9、隐藏蛋白质所有氢键，选择Protein后面的H-sticks 10、仅显示与小分子连接位置，点击Bindingsite后面的S-sticks 10、突出与小分子连接位置，修改连接位置颜色，点击Bindingsite后面的C-选择不同颜色。11、修改连接位置氢键颜色，点击protein后面的C-by rep-sticks-选择相应的颜色。12、修改背景为白色，Display-Back...
1.首先Docking--Macromolecule--Set rigid filename 找到文件夹下面的protein.pdbqt文件--打开选定蛋白质分子 2.再点击Docking--ligand--open--找到文件夹下面的ligand.pdbqt--打开--accept（接受默认小分子参数）3.记下来选择Docking算法--search parameters--local search parameters（这个比较快）{另外...
而AutoDock Vina的算法中可以将蛋白质中部分的残基设置为柔性,基于此条件下进行蛋白与配体间的柔性Docking。在本教程中,我们将以”FDA认证的抗癌药物Imatinib和残基Thr315设置为柔性的c-AbI蛋白对接 (PDB ID: 1FPU)“ 为例,介绍AutoDock Vina 1.2.2版本的柔性Docking操作。
点击Analyze>Dockings>Open…>选择并打开protein_ligand.dlg文件>出现的对话框都点Yes或确定。 之后点击Analyze>Conformations>Load…即可将对接结果及分子构象载入到图形窗口中,在弹出的protein_ligand Conformations Chooser对话框单击列表中对应的分子构象编号,上部的显示窗口即可显示该分子构象的诸如Binding Energy等分子对接...
生物信息学课题组荣誉出品 http://.crc.sdu.edu/bioinfo 《生物信息学》第五章:蛋白质结构预测与分析(第三部分) 蛋白质-小分子分子对接:AutoDock对接 1.设置Docking的参数文件 (1)选定蛋白质分子:点击“Docking”→点击“Marcomolecule”→点击“SetRigidFilename” →找到test工作文件夹→打开“ad_protein.pdbqt...
点击docking-macromolecule-set rigid filename选择pdbqt蛋白文件,点击docking-ligand-choose选择小分子点击接受。 点击docking-search parameters-genetic algorithm,弹出的窗口是对接参数,第一个选项对接次数建议设置50次以上,其他参数按照默认设置,然后点击Accept(图7)。
1.准备分子文件:首先,需要将小分子和靶蛋白的3D结构准备好。这些结构通常可以从Protein Data Bank (PDB)或其他来源获得。 2.设置Docking参数:打开AutoDockTools (ADT),为小分子和靶蛋白设置合适的Docking参数。这包括设置格点类型、格点尺寸、盒子中心等。 3.准备小分子数据库:如果要对多个小分子进行对接,需要准备一...