fromase.ioimportread,writefromaseimportAtomimportrandomimportnumpyasnpfname="POSCAR"a=read(fname)coord=np.ones(3)whileTrue:foriinrange(3):coord[i]=random.random()*a.cell[i,i]atom=Atom('Si',coord)b=a+atomdmin=np.array([b.get_distance(i,-1,mic=True)foriinrange(len(b)-1)]).min...
ASE用Python面向对象编写的程序接口,内置了过渡态搜索、声子谱等功能,可以外接CP2K、VASP、Gaussian等软件进行能量计算。 官网对它的设计目标有着如下介绍: · Easy to use:Setting up an atomistic total ener…
1 下载安装包 从网址:https://pypi.org/simple/ase 中下载最新的安装包“ase-x.xx.x.tar.gz”; 下载最新的安装包 2 解压 将安装包放至某一目录下进行解压,我们这里的目录是: /es01/paratera/sce3749/software-sce3749 然后输入解压命令进行解压缩:tar -zxvf ase-3.22.1.tar 解压完成就能看到一个 ase-...
Atomic Simulation Environment (ASE) 是一组用于原子模拟的工具和 Python 模块，包含设置、操作、运行、可视化和分析原子模拟的全套功能。使用 ASE 可以执行多种操作，例如编辑结构文件以进行格式转换、扩胞、固定特定原子或修改原子结构，如将三维结构转换为薄片，并根据元素拆分结构以用于差分电荷密度计算。...
在本教程中我们将C、N、O三种原子分别吸附在具有1层,2层和3层的7种不同FCC金属(111)晶面上,然后使用数据库文件储存结果。 大块晶体(Bulk) 首先,我们使用EMT势,分别计算7种元素的体相FCC晶格常数。 from ase.build import bulk from ase.cal
为了安装ASE（Atomic Simulation Environment），首先需要访问其官方网站进行下载。下载完成后，找到ASE安装目录，将其添加到系统环境变量中。在你的.bashrc文件中，可以这样声明：ASE总目录：export ASE_DIR=/path/to/ase 然后添加PYTHONPATH：export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:$ASE_DIR ASE提供了多种方法用于...
ASE转换文件到POSCAR格式: https://mp.weixin.qq.com/s/c_q79fEUFEzvhdoM4Jz6WA 使用ASE批量切金属稳定的表面: https://mp.weixin.qq.com/s/GbxyYRl2AIoextPXCUmgbA 通过ASE简单扩胞的小脚本: https://mp.weixin.qq.com/s/X_5vvsBOBUAUoByuaeTIag ...
This is the Interface between Atomic Simulation Environment(ASE) and phonopy. The calculation results from ASE can be generated and ordered in the format that pass through phonopy for further calculation. - Mianlex/ASE-phonopy-Interface
ASE, or Atomic Simulation Environment, is a Python-based program interface designed for atomistic total energy calculations and molecular dynamics simulations. It's built with Python, making it highly flexible, easy to use, customizable, Pythonic, and open to participation. ASE can be ...
Central to ASR is the concept of a Recipe: a high-level Python script that performs a well defined simulation task robustly and accurately while keeping track of the data provenance. The ASR leverages the functionality of the Atomic Simulation Environment (ASE) to interface with external ...