ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)技术是一种利用Tn5转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术。染色质可及性,即染色质的开放程度,指的是细胞核内大分子能够与染色质中DNA发生物理接触的程度。Tn5酶倾向性地结合开放的染色质区域,ATAC-seq技术利用这种特性对开放的染...
目前，最常用的转座酶是Tn5转座酶，它在可及性染色质上的转座比在不可及染色质上的转座更频繁。Tn5转座酶作为一个探针，通过“剪切和粘贴”机制在全基因组水平上检测染色质的可及性，对于得到的DNA片段可以用测序标签对DNA的未受保护区域进行标记(Reznikoff William S., 1993；Haniford D B and Ellis M J, ...
植物ATAC-seq文献集锦(一)——基因组篇 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing)是一种用于探究染色质开放性区域的技术,该技术利用Tn5转座酶接近核小体疏松区域切割暴露的DNA,获得开放的染色质区段(Open Chromatin),通过高通量测序及生物信息学分析来挖掘潜在的活跃转录因子...
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...
ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被高级结构给卡住。转座酶可以随机结合并切割染色质开放区...
ATAC-seq技术的发展得益于Tn5转座酶的研究，Tn5转座酶的应用，大大简化了开放染色质研究的时间，从最初2-3天的实验周期，缩短到2-3小时【5】。图1.来源：Lee B. H. et al. 2021从上面的介绍，我们看到，Tn5酶的出现，确实是改变了表观技术研究的应用，ATAC-seq技术问世以来，大量的样本获得了较好的开放染色...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性核染色质区域进行测序分析,是一种表观遗传学研究技术。通过ATAC-seq测序可以得到全基因组范围内的染色质可及性图谱,获得所有活跃的调控序列,如潜在的活跃转录因子及靶基因。
而ATAC-seq是靠Tn5转座酶切开染色质开放的DNA位点,Tn5转座酶Tn5在染色体上结合是概率事件,如何判断这个位置的reads足够为一个peak,要用软件MACS统计检测。当转录因子结合DNA时,会阻止Tn5转座酶在该位点上切割,所以会形成一个保护区域,reads无法富集到中间的部分...
转座酶 (Transposase /Tnp) :催化转座的蛋白质;野生型Tn5转座酶是一种活性极低的蛋白质。 目标DNA (Target DNA):可以与转座子在同一个DNA分子上,甚至在转座子内;或在另一个DNA分子上。 1. 转座子 简化的转座子结构: 包含合成Tnp的DNA序列, 两个19bp 长的末端以及任意DNA序列。如图: ...
在ATAC-seq试验中,细胞或组织样本在核质分离后,将细胞核单独收集在一起,并通过Tn5转座酶对核内的染色质进行切割。紧密包裹的染色质DNA不会被Tn5转座酶切割,而开放区域的染色质DNA会被Tn5转座酶随机插入并切割,并将NGS接头添加到开放的DNA中,后续进行建库、测序、分析,即可得到开放染色质的信息。