ATAC-seq技术通常需要额外的步骤来去除线粒体DNA的污染,这可以通过实验和分析来完成;一些高通量测序技术不可避免地会产生错误或偏差,包括ATAC-seq。研究发现Tn5转座酶优先靶向核小体DNA的出入位点,这可能会导致有偏差的测序结果。不过,这种转座酶偏差可以通过开发计算工具或改进的统计模型来纠正。 单细胞ATAC-seq 类似...
植物ATAC-seq文献集锦(一)——基因组篇 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing)是一种用于探究染色质开放性区域的技术,该技术利用Tn5转座酶接近核小体疏松区域切割暴露的DNA,获得开放的染色质区段(Open Chromatin),通过高通量测序及生物信息学分析来挖掘潜在的活跃转录因子...
目前，最常用的转座酶是Tn5转座酶，它在可及性染色质上的转座比在不可及染色质上的转座更频繁。Tn5转座酶作为一个探针，通过“剪切和粘贴”机制在全基因组水平上检测染色质的可及性，对于得到的DNA片段可以用测序标签对DNA的未受保护区域进行标记(Reznikoff William S., 1993；Haniford D B and Ellis M J, ...
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...
ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被高级结构给卡住。转座酶可以随机结合并切割染色质开放区...
ATAC-seq技术的发展得益于Tn5转座酶的研究，Tn5转座酶的应用，大大简化了开放染色质研究的时间，从最初2-3天的实验周期，缩短到2-3小时【5】。图1.来源：Lee B. H. et al. 2021从上面的介绍，我们看到，Tn5酶的出现，确实是改变了表观技术研究的应用，ATAC-seq技术问世以来，大量的样本获得了较好的开放染色...
与其他技术方法不同的是,ATAC-seq 利用高度活跃的Tn5 转座酶代替DNase I核酸酶、微球菌核酸酶MNase 等分析染色质易接近性,能够将目的DNA 片段化、末端修复和加上测序所需的接头(adaptor)一步完成,从而使建库步骤变得极为简便,达到投入量更低、通量更高的建库效果。
而ATAC-seq是靠Tn5转座酶切开染色质开放的DNA位点,Tn5转座酶Tn5在染色体上结合是概率事件,如何判断这个位置的reads足够为一个peak,要用软件MACS统计检测。当转录因子结合DNA时,会阻止Tn5转座酶在该位点上切割,所以会形成一个保护区域,reads无法富集到中间的部分...
转座酶 (Transposase /Tnp) :催化转座的蛋白质;野生型Tn5转座酶是一种活性极低的蛋白质。 目标DNA (Target DNA):可以与转座子在同一个DNA分子上,甚至在转座子内;或在另一个DNA分子上。 1. 转座子 简化的转座子结构: 包含合成Tnp的DNA序列, 两个19bp 长的末端以及任意DNA序列。如图: ...
由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-seq 插入片段应该在约 <100、200、400、60...