1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样...
做ATAC-seq可以不做ChIP-seq吗？答案是否定的。ATAC-seq在应用中往往要与其他的测序一起联用进行组合分析，如ATAC-seq+RNA-seq和ATAC-seq+ChIP-seq等，以进一步验证和深入理解染色质开放性在基因表达调控中的作用。
ATAC-seq可用来鉴定重要转录因子、生成转录因子结合区域的特征、生成表观基因组图谱、在不同组织或条件下对应可及性区域、得到核小体位置等。此外，数据处理解读部分包括质控、peak calling和可视化，用于分析数据。ATAC-seq在应用中往往与其他测序技术结合使用，如与RNA-seq联用进行组合分析，可以优先于RNA-...
而ATAC-Seq没有落脚到具体哪个转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感兴趣的调控因子。 实际上,在全基因组上检测染色质开放程度用DNase-Seq、ATAC-Seq、FAIRE-Seq、MNase-seq都可以,他们又有什么区别呢(如下图...