RNA-seq中CpAGL18表达情况说明其在番木瓜果实成熟过程中起着关键作用。RNA-seq和ATAC-seq联合分析关键基因中CpACS1和CpSAUR32具有MADS结合位点。亚细胞定位结果显示CpAGL18共定位于细胞核和质膜(Fig. 7A)。酵母单杂结果显示CpAGL18与CpACS1、CpSAUR32的启动子结合(Fig. 7B)。双荧光素酶报告基因结果显示,当CpAGL18...
整合ATAC-seq结果与其他的表观遗传标记,GC基因作为α细胞的特征近,ATAC-seq峰既存在于内含子内,也在GC启动子上游28kb处。表明该区域可能具有α细胞特异性增强子的功能。CHODL是β细胞类型的特征基因。 由于许多带有α细胞和β细胞ATAC-seq峰所在的基因没有差异表达,作者试图确定细胞类型特异性峰区是否富集于特定的转...
为了更深入地理解小麦等双子叶植物的再生过程以及其分子机制，以期找到提高小麦转化效率的新基因，研究团队使用RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等多组学联合分析的方法，构建出小麦再生过程中的转录调控网络和表观遗传动态，发现了两个能显著提高小麦遗传转化效率的新基因。图1 文章信息·研究思路·研究团队选择最容易转化的...
图3 不同分化状态心脏成纤维细胞的 ATAC-seq 分析 三、 差异基因表达与动态染色质可及性有关 为了研究启动子可及性是否与心脏成纤维细胞中的基因表达相关,将RNA-seq和 ATAC-seq数据结合起来进行分析(图4)。发现至少在一种状态下心...
翻译效率TE(FPKMribo-seq/FPKMRNA-seq)是RNA利用效率的关键指标。作者接着分析了植物如何通过改变TE响应低温胁迫。LT样本的TE中值低于CK样本,表明低温胁迫也会抑制茶树的TE。2287个基因TE增加,2686个基因TE减少。CK和LT样本的TE与转录水平相关性分别是-0.38和-0.37。结果表明基因表达水平增加,TE持续下降。说明TE的改...
具有DNA光开关特性的Ru1可以与DNA具有高亲和力的结合。MD模拟与Ru1与DNA形成多价结合力的过程相一致。Ru1可以穿透细胞核,诱导活细胞中的DNA相分离。Ru1可以利用TPPLIM成像技术实时监测DNA相分离的过程。RNAseq和ATAC-seq表明Ru1可以改变基因表达谱和...
该研究将ATAC-seq和RNA-seq数据与泛基因组分析结合,展示了袖蝶属蝴蝶的染色质结构的相似性和发育过程中翅膀和前翅的染色质可及性和基因表达的差异,通过功能实验鉴定和验证了一个新的功能CRE在趋同表型中的调控机制。 研究背景科普 诗神袖蝶(Heliconius melpomene),又名红带袖蝶,属于蛱蝶科袖蝶属的一个物种。世界...
ATAC-seq+RNA-seq联合分析,可以获得ATAC 检测到的染色质高度可及性区域与对应转录本表达的相关性,以及对应转录本相关基因的上游调控序列,构建TF结合后的基因表达调控机制,从而整体分析该特…
1、ATAC-seq+RNA-seq: 在常规思路中,RNA-seq通常优先于ATAC-seq进行实验,获得差异表达基因后,后续可进一步运用ATAC-seq的motif分析,对启动子区域的染色体开放性染色质开放性发生变化的差异基因进行深入探究,并识别出特定的转录因子结合情况,基于这些分析结果,再进行后续的验证实验。
在RNA-seq和ATAC-seq联合分析鉴定的关键DEG中，CpACS1和CpSAUR32具有MADS结合位点的顺式作用元件。亚细胞定位分析表明，CpAGL18定位于细胞核和质膜。烟草细胞中的瞬时表达显示，CpAGL18的大部分荧光信号在细胞核中，一小部分在细胞膜中。相比之下，对照组的GFP荧光信号始终在整个细胞中检测到（图7A）。进行酵母单...