但是这两个技术之间存在一些区别:ChIP-Seq技术在实验之前就有一个明确感兴趣的转录因子,也就是研究者需要对某个表观遗传学机制所起的作用有一个初步的想法,然后根据目标转录因子设计抗体去做ChIP实验拉到与其结合的DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq技术没有落脚到具体哪个转录因子...
5、ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简便,而且只需要很少的细胞/组织量,同时测序信号更加好。 6、单细胞测序技术是近几年研究的热点,通过对单细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq等技术无法进行单细胞测序,而ATAC-seq经过实验验证是可以进...
染色质的可及性是表观遗传学的重要组成部分,除此之外,表观遗传学还包括核小体定位、转录因子占用等,对表观遗传学的研究主要采用高通量、全基因组的方法,例如:MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq、ATAC-seq等。 图1 开放染色质与封闭染色质(Baylin et al., 2007)。 2、ATAC-seq的由来 对于MNase-seq、DNase-s...
染色质的可及性是表观遗传学的重要组成部分,除此之外,表观遗传学还包括核小体定位、转录因子占用等,对表观遗传学的研究主要采用高通量、全基因组的方法,例如:MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq、ATAC-seq等。 图1 开放染色质与封闭染色质(Baylin et al., 2007)。 2、ATAC-seq的由来 对于MNase-seq、DNase-s...
现在我们有了索引,我们可以比对我们的 ATACseq 读数。由于 ATACseq 数据通常是双端测序,我们需要对比对步骤进行一些小的调整。 双端测序数据通常以两个文件的形式出现,通常在文件名中带有_1和_2或_R1和_R2来表示一个文件是成对的数字。 read1 <- "ATAC_Data/ATAC_FQs/SRR891269_1.fastq.gz" ...
ATAC-seq数据质量分析是一个多步骤的过程，包括原始数据的质控、比对、peak calling、peak注释、差异分析...
现在我们有了索引,我们可以比对我们的 ATACseq 读数。由于 ATACseq 数据通常是双端测序,我们需要对比对步骤进行一些小的调整。 双端测序数据通常以两个文件的形式出现,通常在文件名中带有_1和_2或_R1和_R2来表示一个文件是成对的数字。 read1<-"ATAC_Data/ATAC_FQs/SRR891269_1.fastq.gz"read2<-"ATAC_Da...
现在我们有了索引,我们可以比对我们的 ATACseq 读数。由于 ATACseq 数据通常是双端测序,我们需要对比对步骤进行一些小的调整。 双端测序数据通常以两个文件的形式出现,通常在文件名中带有_1和_2或_R1和_R2来表示一个文件是成对的数字。 read1<-"ATAC_Data/ATAC_FQs/SRR891269_1.fastq.gz"read2<-"ATAC_Da...
1. 结果处理 现在我们已经处理了 Greenleaf ATACseq 双端数据,我们可以开始处理比对。 首先,我们将确定 ATACseq 数据的预期片段长度分布。我们使用 ...
然而,自己操作过这个实验的同学就知道,成功的ATAC-seq实验结果会产生明显的特征条带,产生该条带的原因是由核小体结构所决定的,核小体free区、缠绕着1个核小体,2个核小体,以此类推,形成具有特征长度的DNA富集片段。 但是!想要成功的获得理想的特征条带,其实并没有大家想象的“辣么简单”,在样品处理过程中,如果...