DNase-seq：利用DNaseI优先切割核小体被取代的DNA序列，对切割的片段进行测序，来检测特定转录因子的结合...
染色质的可及性是表观遗传学的重要组成部分，除此之外，表观遗传学还包括核小体定位、转录因子占用等，对表观遗传学的研究主要采用高通量、全基因组的方法，例如：MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq、ATAC-seq等。图1 开放染色质与封闭染色质(Baylin et al., 2007)。2、ATAC-seq的由来 对于MNase-seq、DNase-...
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度，可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息，一般用于不知道特定的转录因子，用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子；但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么，根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA，验...
ATAC-Seq是可以检测到全基因组的DNA结合蛋白,转录结合位点 ,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子; ChIP-Seq是已知转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验富集它结合的DNA片段。在测定转录因子的 ChIP-seq 中独有的峰可能是先驱转录因子,其先结合到封闭染...
ATAC-seq 技术有两大特点:一是转座酶更容易对开放的染色质区域进行切割,二是转座酶可以同时对切割下来的DNA片段的两端添加测序接头。因此,回收切割下来的DNA片段后可以直接上机测序,获得在特定时空下全基因组的活性调控序列。后续对这些序列进行分析,挖掘这些开放位点的潜在结合转录因子,结合基因表达水平数据,发现关键的...
ChIP-seq 和ATAC-seq 的异同:ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子;但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计...
细胞特异性位点识别：通过ATAC-seq发现具有细胞特异性活性的转录因子结合点，揭示细胞命运决定的关键因素。ATAC-seq的出现，无疑为生物学研究提供了强大的工具，它不仅扩展了我们对染色质结构与功能的理解，也为疾病诊断和治疗提供了全新的视角。随着技术的不断优化，ATAC-seq必将持续推动生物学领域的新发现...
小分子化合物对特定基序占据率的动态影响可通过时间序列ATAC实验监测,这种药效动力学研究策略在表观遗传药物机制研究中逐步推广,但需要配套开发高时间分辨率的检测方案。 技术延伸方面,ATAC-seq与CUT&Tag技术的联用正在形成新范式,既能捕获开放区域,又可精确定位特定转录因子结合位点。这种组合策略有效弥补传统基序分析的...
标准的MNase-seq主要用于对核小体片段(~147bp)的测序,限制了核小体之外非组蛋白在DNA结合位点的分析[3]。总的来说MNase-seq是一种优秀的检测全基因组核小体分布和评估转录因子结合的方法,可用于多种类型的细胞。然而,如果要在不同实验...
传统研究开放染色质的方法有MNase-seq, DNase-seq, FAIRE-seq和ChIP-seq等,ChIP-seq一次只能获取特定转录因子结合的区域信息,而MNase-seq, DNase-seq和FAIRE-seq方法则费时费力,重复性较差。2013年,美国Stanford大学的William Greenleaf教授研发了一种全新的方法,即ATAC-seq,ATAC-seq在克服传统方法缺点的同时也保证了...